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HADDOCK使用总结

已有 4687 次阅读 2020-3-21 09:26 |系统分类:科研笔记

(1)关键结果文件目录:

保存的结果文件中,有一个index文件,可以以网页形式打开,里面有最基本的一些数据。但是网站上提供的是排名前10类构象的得分的类大小情况,当聚类数目大于10时,其他情况不太好的类的相关信息,可以在结果文件夹里查找:


所有类的HADDOCK SCORE得分:

job_name\structures\it1\cluster_haddock-score.txt_best4

job_name\structures\it1\watercluster_haddock-score.txt


所有类(最后一轮water优化)的聚类信息:

job_name\structures\it1\water\analysis\cluster.out


(2)软件使用权限的获取:

HADDOCK网页版程序有三个等级权限的使用方法,easy/expert/guru,依次可调节的参数越来越多,其中guru权限可以调试所有对接参数。一般注册的用户只有easy的权限,假如需要调整一些对接参数,可以到haddock的个人信息页面https://nestor.science.uu.nl/usr/,申请更高的使用权限。



https://wap.sciencenet.cn/blog-3386602-1224553.html

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