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动力学模拟中残基的磷酸化

已有 2751 次阅读 2019-5-22 11:25 |系统分类:科研笔记

       根据以往的实验结果,磷酸化残基的第二个质子的pKa大约在6左右。因此在中性条件下,磷酸化的残基大部分以无质子的负二价磷酸盐存在,少部分以带一个质子的负一价磷酸盐存在。使用相关软件处理相关残基时,软件一般都会默认处理成无质子的负二价磷酸盐。


残基磷酸化pKa.png

参考文献:(1)N. Homeyer, A.H.C. Horn, H. Lanig, H. Sticht. J. Mol. Model. 2006, 12, 281-289. 

AMBER force field parameters for phosphorylated amino acids in different protonation states: phosphoserine, phosphothreonine, phosphotyrosine and phosphohistidine

(2)Bienkiewicz EA, Lumb KJ.  (1999) J Biomol NMR 15:203–206




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