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Ensembl基因组+注释 | 物种速查 | 动物
王程扬 2017-12-20 10:07
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 同样算read counts，为什么公司跟师兄算的结果不一样？| Ensembl、UCSC、Refseq，该用哪个 一文推荐用ensembl的gene model，哪些已经测序的动物有ensembl基因组注释呢？ ...
个人分类: 物种速查|10167 次阅读|没有评论
Ensembl基因组+注释 | 物种速查 | 植物
王程扬 2017-12-20 10:05
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 同样算read counts，为什么公司跟师兄算的结果不一样？| Ensembl、UCSC、Refseq，该用哪个 一文推荐用ensembl的gene model，哪些已经测序的植物有ensembl基因组注释呢？ ...
个人分类: 物种速查|8733 次阅读|没有评论
miRBase物种名缩写速查表 | 分享解决问题的过程，包治百病
热度 1 王程扬 2017-12-19 12:56
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小哈 来源： 嘉因 先吐槽！最近做非模式生物的项目，miRBase一点也不友好，我只能猜出人和小鼠，其他的缩写都是什么鬼？去哪找缩写跟物种名字对应的list？ 打开微信，搜一搜，还 ...
个人分类: 物种速查|17352 次阅读|2 个评论 热度 1
水生生物的ATAC-seq数据和文章都在这里
王程扬 2017-12-19 12:37
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源：嘉因 这次小丫汇总了 各物种的ATAC-seq数据 ，水里的有海胆、斑马鱼、文昌鱼、青鱂鱼。做了哪些数据？发表了哪些文章？ 斑马鱼 有25套ATAC-seq数据，出自10项研究。貌似ATAC-s ...
个人分类: ATAC-seq|3789 次阅读|没有评论
做过ChIP-seq或ATAC-seq的物种速查
王程扬 2017-12-19 12:28
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 上周分享了各物种ATAC-seq数据统计，有小伙伴儿问ChIP-seq都做过哪些物种，其实我也好奇。 粗略检索了一下，居然有 285个物种有ChIP-seq数据 。下次再有人问某某物种做没做 ...
个人分类: 表观遗传|3710 次阅读|没有评论
秋天来了，苹果熟了 | fruitENCODE、C3C4数据查询
王程扬 2017-12-19 12:13
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 看到题目，好激动！！！同时好自责，对植物缺乏关心，2014年的文章就做了植物的ENCODE，我居然才发现，更别提跟大家分享了！ 等等！！ 原来是场误会，还 ...
个人分类: ENCODE|3505 次阅读|没有评论
人、果蝇、线虫转录因子ChIP-seq数据整合分析ncRNA【视频】
王程扬 2017-12-19 10:35
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 果蝇、线虫作为模式生物自有它的优点，基因组小，遗传操作方便，能i n vivo 研究分子功能和调控机制。 2017年诺奖 再次花落果蝇家。 第四届中国果蝇生物学大会 将 ...
个人分类: Chip-seq|3069 次阅读|没有评论
表观遗传系列视频17 | Penn State 岳峰
王程扬 2017-12-19 10:28
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome Epiview Epigenetics表观遗传学 去年 8 月，「表观基因组学暑期国际讲习班」于复旦大学召开。大会邀请了国内外表观基因组学顶尖的学者，为学员们分享表观基因组学的最新进展。讲习班持续 10 天，积累了 ...
个人分类: 表观遗传|3469 次阅读|没有评论
ENCODE IDR pipeline Q&A 视频记录
王程扬 2017-12-19 10:25
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 常宇周 嘉因 下面是我们的会议视频记录员为上期会议视频做的记录，括号（）里的是小编的碎碎念。 ChIPseq数据分析基础 + ENCODE pipeline Q A视频 | 招募会议视频记录员 有空就听，没空就速读文 ...
个人分类: ENCODE|2407 次阅读|没有评论
ENCODE介绍视频 | 由ENCODE成员翁志萍教授亲自讲解
王程扬 2017-12-19 10:13
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 有小朋友直呼上次的会议视频太专业， ENCODE IDR pipeline QA 视频记录 。 这次来个基础的，介绍ENCODE——DNA元件百科全书，由ENCODE成员翁志 萍教授讲解。 本视频主要讲了 ...
个人分类: ENCODE|2985 次阅读|没有评论
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