ChengyangWang的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/ChengyangWang

博文

按标题搜索
史上最全ncRNA数据库:RNAcentral | 最权威的EMBL-EBI出品
2017-12-18 13:34
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 小伙伴儿问:“我老板让我查查在家蚕里小分子rna库什么的,我有点摸不到头脑!” 小丫给她指了条明路:Google 小伙伴儿吐槽:上不去google 小伙伴儿们 ...
个人分类: RNA-seq|5465 次阅读|没有评论
链特异RNA-seq数据不这么看就浪费了 | antisense上的lncRNA-seq
2017-12-18 12:53
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 大家都会做方便面,有人做辛拉面,有人做三鲜伊面,工艺有何不同? 大家都会做RNA-seq,有人能筛出有意义的基因,有人能找出有价值的线索,有人。。。差别在哪? 前六期 ...
个人分类: RNA-seq|25891 次阅读|没有评论
富集分析,俩人做的结果差5岁 | 你用的注释文件有多老?
2017-12-18 12:45
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈 来源: 嘉因 大家都会做方便面,有人做辛拉面,有人做三鲜伊面,工艺有何不同? 大家都会做RNA-seq,有人能筛出有意义的基因,有人能找出有价值的线索,有人。。。差别在哪? 前三期 ...
个人分类: RNA-seq|3538 次阅读|没有评论
heatmap画不好会得出错误结论
2017-12-18 12:22
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈 来源: 嘉因 大家都会做方便面,有人做辛拉面,有人做三鲜伊面,工艺有何不同? 大家都会做RNA-seq,有人能筛出有意义的基因,有人能找出有价值的线索,有人。。。差别在哪? ...
个人分类: RNA-seq|3964 次阅读|没有评论
同一套RNA-seq,公司筛出的差异基因跟师兄筛出的为什么不一样?
2017-12-15 15:17
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈 来源: 嘉因 在 同一套RNA-seq,为什么公司做的跟师兄跑的结果不一样? | TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗? 一文,聊了怎样做RNA-seq数据预处理:把samples拉到同一起跑线。 ...
个人分类: RNA-seq|4117 次阅读|没有评论
TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?
2017-12-15 15:04
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈 来源: 嘉因 在 RNA测序分析,哪家公司适合我 一文中,聊过类似的问题。 这次小哈搬来了statQuest的3个最新视频,https://statquest.org/video-index/,点击左下角“阅读原文”直达statQuest ...
个人分类: RNA-seq|29886 次阅读|没有评论
同样用Ensembl算TPM,结果还是不一样? | Ensembl的注意事项
2017-12-15 14:53
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈 来源: 嘉因 大家都会做方便面,有人做辛拉面,有人做三鲜伊面,工艺有何不同? 大家都会做RNA-seq,有人能筛出有意义的基因,有人能找出有价值的线索,有人。。。差别在哪? 前五期 ...
个人分类: RNA-seq|4863 次阅读|没有评论
Ensembl、UCSC、Refseq,该用哪个
2017-12-15 14:42
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈 来源: 嘉因 大家都会做方便面,有人做辛拉面,有人做三鲜伊面,工艺有何不同? 大家都会做RNA-seq,有人能筛出有意义的基因,有人能找出有价值的线索,有人。。。差别在哪? ...
个人分类: RNA-seq|13654 次阅读|没有评论
欲哭无泪的p-value = 0.051 | 做几次重复能得到较低的p-value
2017-12-15 14:12
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈 来源: 嘉因 60分万岁,多1分浪费 p-value = 0.051。。。。。。 场景一:做RNA-seq,做几次重复?应该做几次?发paper时认可几次重复? 场景二:RNA-seq做了3次重复,用p-v ...
个人分类: RNA-seq|5638 次阅读|没有评论
用肿瘤组织做ChIP-seq、ATAC-seq + RNA-seq + DNA羟甲基化
2017-12-15 12:55
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 “ DNA羟甲基化、ChIP-seq、ATAC-seq跟临床有什么关系? ” “ 用H3K4me1标出的enhancer、用ATAC-seq标出的染色质开放区域跟癌症有什么关系? ...
个人分类: ATAC-seq|9451 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-6-17 05:50

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部