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错过它就像错失了一个亿!研究转录调控,比ENCODE更实用

已有 4208 次阅读 2018-5-9 10:45 |个人分类:转录调控|系统分类:科普集锦

 

本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome

作者:小丫  来源: 嘉因

今天遇到小伙伴要找转录因子A的靶基因,我顺理成章的打开史上最全ChIP-seq数据库cistromeDB,查看里面有没有转录因子A的ChIP-seq数据。


咦?右侧出现红绿泡泡!!!http://cistrome.org/db/#/

同一个转录因子的ChIP-seq,哪套数据质量好,一目了然。绿色泡泡多,质量好;红色泡泡多,质量差。七个泡泡分别对应下面这些质量标准:



鼠标放在泡泡上,自动浮现。


这样我就可以直接挑质量好的数据打勾,批量放到WashU Browser里查看啦!能看出啥?链接里有应用场景《他中了国自然,因为最后一周补了这张图




当你关注一个转录因子的具体数据时,红绿泡泡只能初步判断出这是一只健康的猫,至于这猫能不能抓老鼠,还要细看QC report和motif分析的结果


Conservation profile的峰形状怎么样?是否符合这个factor的特点?motif分析能不能找出这个factor的motif?

除了首页增加了泡泡,还有没有其他更新呢?挨个板块check一下:


收录数字终于更新了,人转录因子9753,ENCODE才2000多。


 

不仅胜在数量多而全,而且你想要的它都提供了;你想不到的,它也替你想到了;带你轻而易举的彻底挖掘ChIP-seq公共数据。


cistromeDB的两个应用干货帖:《转录因子调控了谁?挖全天下所有高通量实验数据,只为您解决这一个问题》,《Plan A详细步骤1234 | 哪个转录因子调控我的基因?


视频教程,不用翻墙就能看了


视频下面就是截图教程,不用我在这里啰嗦,感兴趣的已经直接去看网页了,http://cistrome.org/db/#/tutorial






Batch download页面明确告诉我们,Batch download的是2016年的2万多套数据,还是尽量在网页里查吧!多1万多套呢。


访问量,2018年第一季度就快赶上2017年的一半了~~~ 



最近30天的访问量,怎么这么有规律?原来大家都休双休日啊!



今天的访问量将大增!


想用ChIP-seqATAC-seq研究感兴趣的基因?想整合ChIP-seq、ATAC-seq、eCLIP/RIP-seq、RNA-seq数据寻找线索?找嘉因生物吧!从实验、测序,到多种数据整合分析,为您一站式解决。(点击文中蓝字了解详情)




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