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我画的图只能发Plos One?Genome Research的图长啥样?

已有 4005 次阅读 2018-3-28 14:43 |个人分类:转录调控|系统分类:科普集锦

 本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome

作者:小丫 来源:嘉因

小哈组会因heatmap受挫,老板说:“有些图一看就只能发PLOS ONE,多学学Genome Research的配色。”


那就看看Genome Research的配色方案。检索策略:在Genome Research网站https://genome.cshlp.org/搜heatmap,下面是前9篇的图:


绿
doi:10.1101/gr.201293.115Genome Res. 2016.26: 1490-1504




doi:10.1101/gr.117523.110Genome Res. 2012.22: 271-282



doi:10.1101/gr.215160.116Genome Res. 2017.27: 1139-1152



doi:10.1101/gr.212241.116Genome Res. 2018. 28:412-422



doi:10.1101/gr.188573.114Genome Res. 2015.25: 645-654





doi:10.1101/gr.203182.115Genome Res. 2016.26: 1069-1080



doi:10.1101/gr.215004.116Genome Res. 2017.27: 1250-1262



 doi:10.1101/gr.201624.115Genome Res. 2016.26: 1188-1201




doi:10.1101/gr.213983.116Genome Res. 2017. 27:934-946


看到这里,小哈放心了,跟1/3的Genome Research作者一样,小哈选用的是


机智的怪阿姨喜欢最后那张橙白蓝,《如何让自己的图片出彩?(色彩篇)》通俗易懂的讲解了她对配色的理解。


不推荐第一张那种绿,因为正常眼睛看到的红苹果绿苹果,在绿色盲眼里是两个黄元帅


为什么高分文章喜欢红配蓝?》,因为除了占人群<0.0001%的全色盲以外,色盲的眼睛也能很容易的看出的区别。



你喜欢哪种配色?留言告诉小丫吧!




小伙伴儿怎样画出心仪的颜色呢?


懂R,或懂Excel的小伙伴儿,各有各的办法,点击下面蓝字查看详细方法,为什么R的配色好看、Excel的配色丑?还有更多配色原理、更多R包。


懂R,可以用经典的RColorBrewer等R包。另外,ggsci总结了Nature、Science、NEJM、JAMA等经典期刊和IGV、GSEA等工具的配色方案,调用ggsci包就可以选用:https://cran.r-project.org/web/packages/ggsci/vignettes/ggsci.html,出自《史上最全的图表色彩运用原理


只懂Excel,还想像R那样画出漂亮的配色,怎么办?这里有详细方法《学术图表的基本配色方法》。EasyCharts团队开发的Excel插件EasyCharts自带这些颜色主题方案,简单几步安装插件,就可以用Excel画出像R那样的漂亮图了。





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