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作者：小丫  来源：嘉因

小伙伴儿都知道嘉因生物擅长做ChIP-seq，好多公司也把ChIP实验外包给嘉因生物。ChIP实验，这家公司做的怎么样？有图有真相。

ChIP-seq是转录调控研究神技

ATAC-seq是转录调控研究神助攻

ATAC-seq能干啥？

ATAC-seq能找到某段DNA上结合了哪个调控蛋白。

分析motfi也能做到？可信度不一样。

道理是这样的：你想去小明家玩儿，直接去可能正赶上不在家，白跑一趟。如果晚上看到亮灯了再去，有人在家的可能性就很大。

通过染色质开放区域能找到结合的转录因子的原理，小哈在哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？怎样筛选？基于分析或实验的可行方案V2.1一文里介绍过，见下面的示意图：

转录因子等调控蛋白所结合的DNA附近会形成开放区域，产生DNase hypersensitive site，DHS。2013年，Howard Y Chang发明了ATAC-seq。详见从第一篇文章开始，讲讲ATAC-seq能干啥？

类似于DNase-seq，ATAC-seq能找出染色质上的开放区，根据这段区域上的motif，推测它上面可能结合的转录因子等调控蛋白。

ATAC-seq用的细胞数更少，500-50,000个细胞就能做，实验更稳定。有了ATAC-seq的加入，把motif预测出来的候选TF范围缩小到染色质开放区域，结果更准确。例如：

下面视频讲了一个工作，通过转录因子表达和染色质开放寻找染色质调控因子，由ENCODE成员David Lamparter讲述。

Genome﹚ide association between transcription factor expression and chromatin accessibility reveals chromatin state regulators

这里用的是DNase-seq数据，也许你能从ATAC-seq数据里找到更多有意思的发现

ATAC-seq相关技术贴：

• 哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？怎样筛选？基于分析或实验的可行方案V2.1

• 表观遗传是怎样遗传的？| 颉伟讲怎样用ATAC-seq研究表观遗传机制的视频

• ChIRP和ATAC-seq发明人Howard Y Chang讲lncRNA研究的视频

• 从第一篇文章开始，讲讲ATAC-seq能干啥？

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