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你的miRNA-seq数据要重新分析吗?
2018-3-22 16:01
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 看过《 我研究的miRNA没,没,没了 》的小伙伴儿心里发慌: miRBase 22跟21相比,删掉了52个人类miRNA,新增了156个,13个改名了,21个序列还变了。那我的miRNA-seq数据岂 ...
个人分类: RNA-seq|2836 次阅读|没有评论
我研究的miRNA没,没,没了
2018-3-22 15:51
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 希望标题的情况不要发生在小伙伴儿身上。。。不过,miRNA的名字、序列可能变了,heatmap可能要重新画了,投稿时你好意思用v21版本吗?! 话说沉寂了3年多的miRBase, ...
个人分类: RNA-seq|1799 次阅读|没有评论
RNA-seq这样画图,国自然必得A
2018-2-9 14:50
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 RNA-seq结果只知道画heatmap、富集分析、pathway、network? 本文介绍的这几个图,通过整合RNA-seq、已发表的ChIP-seq数据,让你的 RNA-seq图迅速变身高富帅 。 适用范围 RN ...
个人分类: RNA-seq|13485 次阅读|没有评论
miRNA家族成员列表下载 | 人/小鼠/果蝇/线虫 | 还提供命令行
2017-12-18 15:20
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈 来源: 嘉因 同一miRNA家族的miRNA拥有共同的种子seed序列,分享共同的靶基因(不完全相同),因此,研究miRNA与protein-coding gene、lncRNA、circle RNA的调控关系时,都要check一下同一 ...
个人分类: RNA-seq|5526 次阅读|没有评论
miRNA的RT-qPCR验证,小伙伴儿亲测,高效,便宜,不限物种
2017-12-18 15:08
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 去年6月,小丫写了 这篇帖子 ,吸引了好多小伙伴儿用这套方法做验证,有了困惑通过销售转告给小丫,小丫解答的很开心~ ~ ~ 现在重新整理一下帖子,力求描述的更清晰,希望能更方 ...
个人分类: RNA-seq|10930 次阅读|没有评论
全世界的miRNA分析工具都在这里
2017-12-18 15:00
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 如果评选年度最佳生物信息网站,我就选tools4miRs ! 来自伟大的波兰,居里夫人的祖国!纪念居里夫人诞辰150周年。 延伸阅读: 居里夫人诞辰150周年 | 重温饶 ...
个人分类: RNA-seq|5274 次阅读|没有评论
选哪个lncRNA的哪段设计引物?RT-qPCR验证,我要百发百中!
热度 1 2017-12-18 13:40
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 前几年是lncRNA测序时代,最近进入了 后lncRNA时代 ,人们都在研究lncRNA的功能和调控机制。 去年4月,小丫写了 这篇帖子 ,得到的评价是“看透了lncRNA验证,但描述得不够清楚 ...
个人分类: RNA-seq|18505 次阅读|1 个评论 热度 1
史上最全ncRNA数据库:RNAcentral | 最权威的EMBL-EBI出品
2017-12-18 13:34
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 小伙伴儿问:“我老板让我查查在家蚕里小分子rna库什么的,我有点摸不到头脑!” 小丫给她指了条明路:Google 小伙伴儿吐槽:上不去google 小伙伴儿们 ...
个人分类: RNA-seq|4583 次阅读|没有评论
链特异RNA-seq数据不这么看就浪费了 | antisense上的lncRNA-seq
2017-12-18 12:53
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 大家都会做方便面,有人做辛拉面,有人做三鲜伊面,工艺有何不同? 大家都会做RNA-seq,有人能筛出有意义的基因,有人能找出有价值的线索,有人。。。差别在哪? 前六期 ...
个人分类: RNA-seq|23392 次阅读|没有评论
富集分析,俩人做的结果差5岁 | 你用的注释文件有多老?
2017-12-18 12:45
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈 来源: 嘉因 大家都会做方便面,有人做辛拉面,有人做三鲜伊面,工艺有何不同? 大家都会做RNA-seq,有人能筛出有意义的基因,有人能找出有价值的线索,有人。。。差别在哪? 前三期 ...
个人分类: RNA-seq|3096 次阅读|没有评论

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