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你的miRNA-seq数据要重新分析吗？
王程扬 2018-3-22 16:01
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 看过《 我研究的miRNA没，没，没了 》的小伙伴儿心里发慌： miRBase 22跟21相比，删掉了52个人类miRNA，新增了156个，13个改名了，21个序列还变了。那我的miRNA-seq数据岂 ...
个人分类: RNA-seq|3322 次阅读|没有评论
我研究的miRNA没，没，没了
王程扬 2018-3-22 15:51
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 希望标题的情况不要发生在小伙伴儿身上。。。不过，miRNA的名字、序列可能变了，heatmap可能要重新画了，投稿时你好意思用v21版本吗？！ 话说沉寂了3年多的miRBase， ...
个人分类: RNA-seq|2148 次阅读|没有评论
RNA-seq这样画图，国自然必得A
王程扬 2018-2-9 14:50
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 RNA-seq结果只知道画heatmap、富集分析、pathway、network？ 本文介绍的这几个图，通过整合RNA-seq、已发表的ChIP-seq数据，让你的 RNA-seq图迅速变身高富帅 。 适用范围 RN ...
个人分类: RNA-seq|15069 次阅读|没有评论
miRNA家族成员列表下载 | 人/小鼠/果蝇/线虫 | 还提供命令行
王程扬 2017-12-18 15:20
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小哈 来源： 嘉因 同一miRNA家族的miRNA拥有共同的种子seed序列，分享共同的靶基因（不完全相同），因此，研究miRNA与protein-coding gene、lncRNA、circle RNA的调控关系时，都要check一下同一 ...
个人分类: RNA-seq|6772 次阅读|没有评论
miRNA的RT-qPCR验证，小伙伴儿亲测，高效，便宜，不限物种
王程扬 2017-12-18 15:08
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 去年6月，小丫写了 这篇帖子 ，吸引了好多小伙伴儿用这套方法做验证，有了困惑通过销售转告给小丫，小丫解答的很开心~ ~ ~ 现在重新整理一下帖子，力求描述的更清晰，希望能更方 ...
个人分类: RNA-seq|13109 次阅读|没有评论
全世界的miRNA分析工具都在这里
王程扬 2017-12-18 15:00
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 如果评选年度最佳生物信息网站，我就选tools4miRs ！ 来自伟大的波兰，居里夫人的祖国！纪念居里夫人诞辰150周年。 延伸阅读： 居里夫人诞辰150周年 | 重温饶 ...
个人分类: RNA-seq|6059 次阅读|没有评论
选哪个lncRNA的哪段设计引物？RT-qPCR验证，我要百发百中！
热度 1 王程扬 2017-12-18 13:40
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 前几年是lncRNA测序时代，最近进入了 后lncRNA时代 ，人们都在研究lncRNA的功能和调控机制。 去年4月，小丫写了 这篇帖子 ，得到的评价是“看透了lncRNA验证，但描述得不够清楚 ...
个人分类: RNA-seq|20963 次阅读|1 个评论 热度 1
史上最全ncRNA数据库：RNAcentral | 最权威的EMBL-EBI出品
王程扬 2017-12-18 13:34
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 小伙伴儿问：“我老板让我查查在家蚕里小分子rna库什么的，我有点摸不到头脑！” 小丫给她指了条明路：Google 小伙伴儿吐槽：上不去google 小伙伴儿们 ...
个人分类: RNA-seq|5574 次阅读|没有评论
链特异RNA-seq数据不这么看就浪费了 | antisense上的lncRNA-seq
王程扬 2017-12-18 12:53
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 大家都会做方便面，有人做辛拉面，有人做三鲜伊面，工艺有何不同？ 大家都会做RNA-seq，有人能筛出有意义的基因，有人能找出有价值的线索，有人。。。差别在哪？ 前六期 ...
个人分类: RNA-seq|26219 次阅读|没有评论
富集分析，俩人做的结果差5岁 | 你用的注释文件有多老？
王程扬 2017-12-18 12:45
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小哈 来源： 嘉因 大家都会做方便面，有人做辛拉面，有人做三鲜伊面，工艺有何不同？ 大家都会做RNA-seq，有人能筛出有意义的基因，有人能找出有价值的线索，有人。。。差别在哪？ 前三期 ...
个人分类: RNA-seq|3623 次阅读|没有评论
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