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错过它就像错失了一个亿!研究转录调控,比ENCODE更实用
王程扬 2018-5-9 10:45
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 今天遇到小伙伴要 找转录因子A的靶基因 ,我顺理成章的打开 史上 最全 的 ChIP-seq数据库cistromeDB ,查看里面有没有转录因子A的ChIP-seq数据。 咦?右侧出现 ...
个人分类: 转录调控|5053 次阅读|没有评论
Y叔又炫技了!有啥用?还真能发CNS!
王程扬 2018-4-25 10:49
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 姥姥跟妈妈告娃的状:“到家就画画,画起来就没完,10点还不睡!画画有啥用?能当画家啊?” 妈妈心疼娃1秒钟。没关系,妈妈从小就是这么锻炼出来的,所以内心无比强大。 ...
个人分类: 转录调控|6449 次阅读|没有评论
神技能!转录调控必读
王程扬 2018-3-28 15:03
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 转录调控的经典问题: 哪个蛋白质调控我感兴趣的基因? 为了帮助小伙伴儿解决这个问题,小丫写了系列技术贴: ChIP系列Plan A:点鼠标就能实现的 1234 、用代码实现的 56 ...
个人分类: 转录调控|4737 次阅读|没有评论
我画的图只能发Plos One?Genome Research的图长啥样?
王程扬 2018-3-28 14:43
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 小哈组会因heatmap受挫,老板说:“有些图一看就只能发PLOS ONE,多学学Genome Research的配色。” 那就看看Genome Research的配色方案。检索策略:在Genome Research网站https:/ ...
个人分类: 转录调控|4594 次阅读|没有评论
等我有钱了,我也这样研究一个基因
王程扬 2018-3-22 16:37
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丸子和小丫 来源: 嘉因 大家好,我是让每一位实验猫都能享用生信福利的嘉因小丫,以及她的朋友们。 读paper时,我们总要问:有什么思路和方法,能用到我的课题里? 好多 ...
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哪个转录因子调控你的基因?Plan C,不需要那么多ChIP-seq
热度 1 王程扬 2018-2-23 10:49
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 《 哪个蛋白质调控我感兴趣的基因? 》一文讲了找上游转录因子的三种策略: Plan A: 基于大量ChIP-seq公共数据挖掘 Plan B: motif分析预测 Plan C:DNase ...
个人分类: 转录调控|7991 次阅读|1 个评论 热度 1
国自然爱明星,拉你的基因进明星通路,一图搞定
王程扬 2018-2-23 10:29
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 明星人人爱,我家小汪也想跟明星攀亲戚。 这里有个 神图 看到明星通路中的小紫结合在小汪转录起始位点附近,推测小汪被小紫调控,从而参 ...
个人分类: 转录调控|3081 次阅读|没有评论
他中了国自然,因为最后一周补了这张图
热度 1 王程扬 2018-2-8 15:13
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 国自然倒计时1个月,想挖机制,还想加个图,体现工作量,显得基础扎实,怎么办? 比如说基因已经做了功能研究,需要挖机制,完善故事;再比如说lncRNA KO/KD已经看出表型,可是 ...
个人分类: 转录调控|3274 次阅读|1 个评论 热度 1
Plan A详细步骤1234 | 哪个转录因子调控我的基因?
王程扬 2018-2-8 11:03
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 《 哪个蛋白质调控我感兴趣的基因?怎样筛选?基于分析或实验的可行方案V2.1 》一文讲了找上游转录因子的策略: Plan A:基于大量ChIP-seq公共数据挖掘 Plan B:motif分析 ...
个人分类: 转录调控|7474 次阅读|没有评论
找到了motif,怎样展示结果?
王程扬 2018-1-31 15:55
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小丫 来源: 嘉因 motif系列问题答疑: 去哪找motif? 史上最全物种转录因子、motif数据库footprintDB 这段DNA上有我关心的motif吗? 点鼠标就能找启动子区的motif | meme-FIMO mo ...
个人分类: 转录调控|10596 次阅读|没有评论

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