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同源建模预测蛋白高级结构

已有 7632 次阅读 2011-4-28 11:04 |个人分类:栏目:封面图片说明|系统分类:观点评述| 数据库, 蛋白质, 互联网, 核磁共振, 服务器

      蛋白质同源建模对于高级结构未知蛋白的功能预测具有重要意义。同源模型的构建是基于特定的程序进行的,大量及时更新的序列和丰富的蛋白结构数据库是基础。将需要的工具、程序及数据库整合而成一个基于互联网的工作站,有利于广大科研工作者借助网络平台共享和下载相关功能蛋白的模型构建结果,为特定研究对象的模型构建提供理论依据和帮助。蛋白质同源建模主要包括3个重要步骤:同源模板的选择、模型构建及构建结果评价,其中通过核磁共振(NMR)或X-晶体衍射技术得来的高级结构确定的蛋白质模板是这项技术的基础。利用此项技术已进行了许多人类未知蛋白结构及功能的预测,如对人的细胞周期蛋白A1及人的跨膜蛋白酶3的高级结构构建。目前,比较权威的蛋白质同源模型构建的服务器是链接在ExPASy网站上的Swiss Model,凭借其独特的预测精确性、稳定性及可靠性被广大科研工作者广泛使用。
      运用大量相关蛋白家族成员的已知高级结构作为模板,通过对未知蛋白质的高级结构预测,有助于初步确定未知蛋白的功能,对于明确影响蛋白功能发挥关键的结构域、功能活性保守位点、邻近氨基酸残基对功能发挥潜在的影响及可能的突变机制,具有积极的作用。《科技导报》2011年第12期23—31页刊登了佘茂云等的论文“小麦TaCAT新基因克隆及分子生物学和生化特性分析”。本期封面图片显示的是该研究中新克隆的小麦CAT蛋白家族成员TaCAT3的功能活性位点的同源模型构建结果,从中可以得到两方面信息:新克隆的基因属于小麦CAT家族成员;2个蛋白功能活性位点完全吻合表明该模型预测结果可信。高得分值的模型结果评价进一步表明了该方法的可行性,为后续蛋白功能的实证提供了理论基础。同源模型构建是当前最为精确方法学的一种,通过它可得到可信赖的未知蛋白质结构模型信息,同时能发现一些新的蛋白家族成员,进一步丰富蛋白质结构和功能相关性研究。随着后基因组时代快速发展,其贡献和影响力有待进一步证实。本期封面图片由佘茂云提供,封面由金功博设计。
(责任编辑   吴晓丽)


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