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Lammps最新版(lammps-5Jun19)Ubuntu 16.04.4下并行安装教程

已有 3506 次阅读 2019-6-28 21:58 |个人分类:学习记录|系统分类:科研笔记| lammps, ubuntu, 安装

Lammps最新版(lammps-5Jun19)Ubuntu 16.04.4下并行安装教程

                                      By:枫晓君亭

Lammps最新版安装方法_枫晓君亭.pdf

以下如在遇到apt-get命令有问题时一般是Ubuntu源下载速度太慢,需要替换源,本人替换的是中科大源:

(https://blog.csdn.net/mr_choi/article/details/71211078)

(https://blog.csdn.net/xfxf0520/article/details/82975366)

(https://www.cnblogs.com/kevingrace/p/6699387.html)

安装过程需要 root 权限,所以为了方便,请在 root 用户下安装

1.安装包的准备(统一放在同一文件夹中解压后备用)

a.fftw-3.3.8.tar.gz

b.lammps-stable.tar.gz (https://github.com/lammps/lammps) and (https://lammps.sandia.gov/download.html)

c.mpich-3.2.1.tar.gz

d.jpegsrc.v9b.tar.gz  (不需要图片支持可不安装)

注:    tar -xf %s.tar.gz 解压以上安装包    (以上所有资源均可百度搜索到,学会利用搜索引擎Google、百度、维基等)

2.安装 gcc  g++  gfortran (which gcc、g++、gfortran检查)

a.sudo su (输入密码后继续)

b.apt-get install gcc 

c.apt-get install g++

d.apt-get install gfortran

3.安装FFTW

a.sudo apt-get -y install build-essential gfortran csh libstdc++5 libjpeg62 libjpeg62-dbg libjpeg62-dev 

b.cd fftw-3.3.8

c.sudo ./configure --enable-float --prefix=/usr/local/fftw --enable-shared=yes(此处因为我们在下面需要安装python接口,需要生成动态库.so) (https://blog.csdn.net/zwjzwj108108/article/details/24254067)

d.sudo make -j10 

e.sudo make install

f.cd ..

4.安装mpich

a.cd mpich-3.2.1

b.sudo ./configure --prefix=/usr/local/mpich

c.sudo make -j10 

d.sudo make install(此处若遇到问题提示为缺少aclocal-1.15,首先需要直接安装automake1.15,参考:

https://blog.csdn.net/w526482656/article/details/49431217)

e.cd ..

5.安装JPEG

a.cd jpeg-9b

b.sudo ./configure --prefix=/usr/local/jpeg

c.sudo make j10

d.sudo make install

e.cd ..

6.安装lammps

(安装我们计算所需的包,一些特殊的包需要特殊处理(如: reax,voro++,poems),仔细阅读官网即可)

a.cd lammps-5Jun19/lib/meam

b.make -f Makefile.gfortran 

c.cd ../poems

d.make  -f  Makefile.g++

e.以下修改编译的文件,这里是关键

     cd  lammps-5Jun19/src/MAKE

     vi  Makefile.mpi

1)将两个mpicxx改为g++

     1.png

2)修改FFTW,MPICH,JPEG的路径,修改为下图

 2.png

3.png

 

上面保存退出后,以下设置系统的环境变量

f.cd ..

g.vi ~/.bashrc (在最末尾处添加)

 4.png

h.保存退出后 source  ~/.bashrc

i.echo $PATH (可以看到上面修改的路径出现在循环)

j.cd ~/lammps-5Jun19/src

k.make clean-all

l.make yes-meam  make yes-MANYBODY(make package-status查看包安装状态)(选择自己所需要的包)

m.make  mpi  -j10

n.sudo cp lmp_mpi  /usr/bin/  (至此,安装完成)

若找不到库就装库,命令: sudo apt-get install lib (如apt-get install libfftw3*)

(https://www.jianshu.com/p/5ab43800cfdb)

7.测试,进入lammps解压包内的examples

a.cd  ~/lammps-5Jun19/examples/crack

b.mpirun -np 2 lmp_mpi < in.crack


若能计算成功无报错,则至此安装完成



尽管本人按照以上步骤可以成功安装,但是不同的机器有可能遇到各种各样的情况,一定要多多操作,方可熟悉Linux下的命令和各种问题出现的原因,有问题可多多百度(尽管很多时候百度只适合找菜谱,但是还是可以解决问题)。




https://wap.sciencenet.cn/blog-3366501-1187278.html

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