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Amber里对轨迹文件mdcrd进行reimage处理

2017-10-18 19:22

蛋白 + 溶剂的模拟，在 vmd 里看 mdcrd 时，会出现视觉上溶剂盒子跑飞掉的的效果，此时可对 mdcrd 做 image ，所用程序： cpptraj 方法： $ cpptraj -p dhfr.prmtop -i dhfr.ptraj 解释： -p dhfr.prmtop 指定跑轨迹时所用 prmtop 文件 -i dhfr.ptraj 指定 ptraj ...

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Amber里建立力场prmtop和inpcrd方法

2017-10-18 19:04

大概流程及思路，参考： http://ambermd.org/tutorials/pengfei/index.htm 具体操作方法： 目标：生成优化或者跑动力学时所需的力场 prmtop 文件和坐标 inpcrd 文件（ prmtop 文件同时包含了分子的力场参数信息和拓扑信息，力场参数是指分子的键长键角二面角等信息，拓扑信息是指分子的键连信息）从 PDB ...

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Amber里关于ambmask总结

2017-10-10 22:28

通过在A mber 的控制文件 Cntrl 的 list 里写入某些 mask 关键词，可以进行限制性的优化或跑动力学。 amber 里可进行限制性的操作有： 1. 固定某些原子 关键词： ibelly, bellymask 两个词需同时指定才能达到固定原子目的。如： ibelly=1, bellymask= 不被固定的原子 ...

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Gaussian高斯里计算resp电荷方法

2017-10-10 15:01

原理：高斯根据计算所产生的每个原子周围的静电势进行拟合，在高斯输出文件 log 文件里有 ESP 电荷，但是 ESP 电荷做的不够好，如对于 -CH3 基团，一般认为三个 H 所带电荷相同，在 ESP 电荷里略有不同， RESP 做出来后三个 H 所带电荷相同。需注意的是，对于同一个原子， RESP 电荷与 ESP 电荷应相 ...

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