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[转载]文献精读——精神分裂症中环状RNA表达谱分析(下)
马云龙 2019-5-23 13:29
上一期的推送中我们简要介绍了一篇发表在《 Neuropsychopharmacology 》上的精神分裂症环状RNA研究,文章通过对来自DLPFC脑区的转录组测序数据进行分析,揭示了精神分裂症相关环状RNA的表达图谱。接着上期的内容,我们来继续探讨文章后半部分更为高级的生信分析内容。 环状RNA的表达变化是否与宿主基因相关联? ...
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[转载]文献精读——精神分裂症中环状RNA表达谱分析(上)
马云龙 2019-5-23 10:56
环状RNA的研究依旧如火如荼,但在精神分裂症(schizophrenia ,SCZ)中的研究还是比较匮乏的。今年2月,发表在《 Neuropsychopharmacology 》上的一篇文章首次系统的分析了精神分裂症中环状RNA的表达图谱。这篇文章几乎全是生信分析,且从投稿到接受仅仅只用了三个月的时间,由此可见其行文的严谨性。那么,究竟是什 ...
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[转载]寻因溯果 — — 浅谈孟德尔随机化及其在GWAS研究中的应用
马云龙 2019-5-23 09:59
要聊起今天的话题就得从流行病学讲起。人们通常采用随机对照试验(random control trial, RCT)研究暴露因素X与疾病结局Y之间的直接关联证据,但该方法往往受限于人类医学伦理与诸多的试验设计,再加上近年来广泛出现的大样本GWAS数据,表观遗传学以及各种“组学”数据,使得在因果关系推断的研究中面临诸多挑战。借助孟德 ...
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[转载]Circ-Vav3作为gga-miR-375海绵能够促进上皮-间质转化
马云龙 2019-3-19 16:26
ALV-J 是一种能够在鸡群中通过水平传播、垂直传播或者通过遗传传播的高危致死性病毒,目前为止,还没有为 ALV-J 开发有效的疫苗,主要还是通过抗性筛选的方式繁殖鸡群。作者就该问题,通过建立 circRNA 文库及 RNA-seq 获得相关数据,结合实验验证 ALV-J 病毒侵染过程中关键途径的响应,提供一个新的治疗靶点。 &n ...
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[转载]进化树分析发现:新型R.gnavus进化支富集于IBD患者肠道内
马云龙 2019-2-18 16:52
IBD (炎症性肠病)是一种慢性胃肠道炎症,该疾病可能是宿主对肠道微生物的免疫应答导致的。IBD和活性氧和活性氮的产生增加有关系。而活性氧和活性氮能引起宿主细胞和肠道微生物群的氧化应激反应。有研究发现,IBD病人肠道微生物中微生物氧化应激有关的功能通路的丰度会增加。但是该通路有关微生物未知。 本 ...
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[转载]阿尔兹海默病,基因知多少?
马云龙 2019-1-14 16:02
前言 阿尔兹海默病( Alzheimer Disease , AD )是最常见的一种神经退行性疾病。然而,由于从遗传学上鉴定功能区域的困难,我们对 AD 的发病机制和干预手段仍然知之甚少。转录组学的应用则有助于我们理解基因组学上的发现。因此,整合包括二代测序、三代测序、单细胞测序和生物信息学等多种方法,有助于我们揭 ...
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