软件准备：

         1,VMD安装和制作动画

         按照系统版本从http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/下载对应安装包。

              Ubuntu下安装要注意需要修改 bin目录下  vmd.csh的代码。因为Ubuntu不识别-b，所以要把-b的命令删掉才能安装。

$./configure LILUXAMD64
$cd src
$make install

       打开VMD，载入坐标文件。

打开Graphice-colors调整背景为白色

Display-Axies设置off，关闭坐标显示。

打开Graphice---Representions

通过Create Rep，可以分别对蛋白和配体设置不同的展示方式，其中在Selected Atoms中输入Protein可以只显示受体蛋白，

蛋白用两种显示方式，

第一种设置Coloring Method为Secondary Structure.Drawing Method为NewCartoon。

第二种设置Coloring Method为ColorID纯色显示，颜色根据个人喜欢可以设置灰色，Material设置Transparent透明，Drawing Method为Surf.注意Surf这个模式不能用来显示轨迹，因为太慢了。

配体的显示也是通过Selected Atoms来设置，可以特别制定某个氨基酸，命令为resname XXX。XXX为你坐标文件中的氨基酸名称。

导入轨迹,选中复合物然后  File>Load Date into Molecule。

设置Renderer为Snapshot，Movie Settings设置Trajectory，Format设置为MPEG-1.然后点击Make Movie开始制作。原理就是通过连续截图然后用VideoMach连接成video（如果电脑没有装VideoMach的需要安装并且向VMD指名videomach.exe的路径）。

动画制作完成！

       2，Pymol 2.3安装和制作动画

        之前直接安装的Pymol 1.8和Pymol 2.3试用版，里面的水印通过调整可以处理掉，最近看到李继存老师给的开源版Pymol2.3的安装教程，也就顺便装了开源版，步骤记录如下（win10）：

        下载Anaconda（https://www.anaconda.com/），安装的时候把环境变量打勾。但实际上卡在了安装过程中，唯一的解释就是这个Anaconda版本和目前的系统冲突。

        需要换一个版本，从https://repo.anaconda.com/archive/ 下载2019年的版本

        顺利安装。

然后下载pymol安装文件（https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol-open-source）

numpy+mkl，Pmw和pymol

下载好以后放在Anaconda的安装目录下Scripts文件夹中。

打开CMD，cd到Scripts文件夹

C:\ProgramData\Anaconda3\Scripts> pip install numpy-1.18.3+mkl-cp38-cp38-win_amd64.whl

如果报错

ERROR: numpy-1.18.3+mkl-cp38-cp38-win_amd64.whl is not a supported wheel on this platform.

原因是python的版本和numpy不一致，安装的是python3.8的numpy，而本地是3.7。调整版本对应。

检查一下本机的版本

pip --version

  确保安装文件版本一致

重新安装

PS C:\ProgramData\Anaconda3\Scripts> pip install numpy-1.18.3+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl
PS C:\ProgramData\Anaconda3\Scripts> pip install Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
PS C:\ProgramData\Anaconda3\Scripts> pip install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
PS C:\ProgramData\Anaconda3\Scripts> pymol

OK，可以看到了pymol的界面

Pymol分别显示受体蛋白和配体的方法比较复杂（如果显示方式为Surface的话），因为不显示配体会在Surface模式下在蛋白上留下一个空洞。如果用其他方式显示的话就无所谓，但是Surface显示需要导入两个不同文件名的坐标文件，并分别导入轨迹。

>load_traj xxx.xtc,start=1,stop=10000000,interval=20

然后在两个坐标的序列中分别删除受体蛋白和配体，这样同时显示两个坐标即可用不同模式显示蛋白和配体（图中为SARS-Cov-2的主蛋白酶和配体的复合物）。

VMD制作动画需要VideoMach，而Pymol制作动画需要FFmpeg支持。可以通过pip或conda安装，或者干脆把

ffmpeg.exe

ffplay.exe

ffprobe.exe

这三个可执行文件放在环境变量里，我放在了Anaconda所在的Scripts文件夹中，它本身就在环境变量中。
之后就可以直接制作动画了

Pymol制作动画最大的好处是可以用Surface来显示，大多数情况下显示活性口袋用Surface比较直观。

制作完成！