留言板
- [10]张志英
- 刘老师您好 我想看看您写的关于微生物互作网络图conet制作 那个博文 但是好像被屏蔽了 我想看看
- [9]陶雪
- 刘老师您好，请问一下，origin做柱状图组间连线怎么做的？谢谢。
- [8]邹易阳
- 刘老师，您好。我最近在学习CoNet网络分析作图，按照您写的流程。前两步（初建和置换）过程很顺利，没有问题。但是进行到bootstrap步骤时，不管怎么更换选项和分析方法，出来的结果始终显示nodes和edges为零。不知道是因为选项的问题还是数据本身导致的问题。还望老师您指点迷津，谢谢！
- [7]许格希
- 刘博士，您好。我在尝试进行扩增子分析流程，按照您在宏基因组上的分享进行：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMjA4Njc1MA==&mid=2247483885&idx=1&sn=fb3bf1551621e49d8733104ec91223ae&scene=21#wechat_redirect，但是在网盘下载您提供的测序数据、实验设计与课程分析生成的中间文件（http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw）时发现已经被删除了，能否重新提供或发我邮箱xugexi@163.com，谢谢，祝好！
- [6]蓝星杰
- 刘老师您好，刚刚接触ggpubr这个R包，您关于ggpubr的博文我逐条学习，当进行到图4（增加不同组间的p-value值，可以自定义需要标注的组间比较）时，一直报错，提示内容如下： Don\'t know how to automatically pick scale for object of type quosure/formula. Defaulting to continuous. Don\'t know how to automatically pick scale for object of type quosure/formula. Defaulting to continuous. Error in validDetails.text(x) : \'pairlist\' object cannot be coerced to type \'double\'） R命令都是按照博文内容复制，或者自行键入。还望老师您指点迷津。谢谢您！
- [5]杜彩丽
- 刘老师，您好，我在安装mvpart包时，还是提示安装失败，无法使用，请问下安装过程中需要注意什么细节吗？盼复，谢谢老师。
- [4]何明珠
- 刘老师，请问Vsearch在windows系统如何安装运行？谢谢！
- 我的回复(2018-5-18 09:17)：看软件主页，下载就可用。有详细的说明。
- 我的回复(2018-5-18 09:17)：看软件主页，下载就可用。有详细的说明。
- 我的回复(2018-4-20 17:37)：安装exe程序，添加环境变量即可。
- [3]李志明
- 老师，我有个问题想请教您，我现在在做一个项目，由90个样本，测的宏基因组，我想对宏基因组的数据的contigs聚类成binning，该如何操作呢？
我现在的做法是将每个样品的fastq map to contigs，得到覆盖深度，在根据覆盖深度进行聚类（concoct软件），得到的binning在用checkM软件进行评估。现在的问题是，我的项目是多个样本，而我现在得到的binning是每个样本的bining，所以后续我不知道该如何整合起来。
我看到14年的nature method的方法是将所有阳样品的fastq文件组装成一个contigs，但是他没有提供具体的方法。
老师您能给我一些建议吗？
- [2]liubin207702
- 刘老师 您好有两个问题想请教您1、我刚开始学习Repbase数据库这方面的知识 小RNA分析时 去重复序列时 是直接和数据库中的fasta序列比对？
2、您有RepBase22.07.fasta.tar.gz文件么 - 我的回复(2017-8-17 07:25)：这个文件我没用过，可以自己注册用户，自己下载。
- 我的回复(2017-8-17 07:25)：你可以和repbase直接比。我是用repeatmasker注释物种的基因组，得到重复序列的位置，和基因类似。再比对small RNA到基因组上，按位置分为repeat, gene flank, intergenic, intron, exon等类型。
- [1]陈栋炜
- 刘老师，你好！一直跟着公众号宏基因组学习扩增子分析，但是在安装Cutadapt后，敲击命令，却显示cutadapt: command not found，不知道是哪里出了问题，盼复！谢谢！
- 我的回复(2017-8-14 12:14)：程序上边不是有安装的教程吗，仔细看看。装不上找朋友 帮忙 ，或google
