博文
- Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释
- Prokka：快速原核基因组注释 Prokka: rapid prokaryotic genome annotation Bioinformatics, 2015-11-26 Method DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153 第一作者：Torsten Seemann 通讯作者：Torsten Seemann 其它作者：无 作者主要单位： 莫纳什大学，维多利亚生物信息学联盟， ...
- MetaQuast：评估宏基因组拼接
- MetaQuast：评估宏基因组拼接 MetaQUAST: evaluation of metagenome assemblies Bioinformatics, 2015-11-26 Method DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv697 第一作者：Alla Mikheenko 通讯作者：Alexey Gurevich 其它作者：Vladislav Saveliev 作者主要单位： 圣彼得堡国立大学转 ...
- MEGAHIT：多快好省的宏基因组装工具
- MEGAHIT：通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案 MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph Bioinformatics, 2015-01-20 Article DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv033 ...
- Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件
- Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类 Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments Genome Biology, 2014-03-03 Method DOI: https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-3-r46 第一作者：Derrick E Wood 1,2* 通讯作者：Derrick E Wood 1,2* 其它作者： ...
- Nature Methods：宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2
- 宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2 MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profiling Nature Methods 2015-09-26 Correspondence （通讯） DOI: https://doi.org/10.1038/nmeth.3589 第一作者：Duy Tin Truong 1 通讯作者：Nicola Segata 1 作者单位： 1 意大利特兰 ...
- Microbiome：NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler
- NG-meta-profiler：使用NGLess（一种领域专用语言）快速处理宏基因组 NG-meta-profiler: fast processing of metagenomes using NGLess, a domain-specific language Microbiome , 2019-06-03 Article DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-019-0684-8 全文可开放获取 https://microbiome ...
- R语言一键批量完成差异统计和可视化
- 撰文：文涛 南京农大 责编：刘永鑫 中科院遗传发育所 R语言一键完成差异检测从数据到展示 单因素 差异 分析的完整方案 关键词：正态性检验；方差齐性；非参数检验；秩和检验；多重比较；带显著性字母柱状图或箱线图 由于作者水平有限，大家可以添加我的个人微信讨论细节、bug和可改进的地方（微信号：nanjingxuez ...
- WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具
- 超快的基因组序列聚类注释在线工具WebMGA 撰文：周晗 中南大学 审稿：刘永鑫 中科院遗传发育所 （宏）基因组学是测序研究生物功能的新领域。如今测序技术一直在进步，成本也大幅下降，数据在大量增加，但数据分析是非常耗时的，并且（宏）基因组注释涉及广泛的计算工具，这些工具难以轻松掌握。少数可用Web服务器提 ...
- bioRxiv：生物预印本服务器简介和发布指南
- https://www.biorxiv.org/ 什么是bioRxiv About bioRxiv https://www.biorxiv.org/about-biorxiv bioRxiv发音为 bio-archive ，提供是生命科学免费的末发表预印本在线存储和发布服务。它由非营利的研究和教育机构冷泉港实验室运维。当在bioRxiv上发布预印本后，作者可以使研究成果对整个科研群体可用，并在投稿 ...
- CHM：新生儿肠道微生物菌群研究
- CHM：婴儿出生后第一年肠道微生物组的动态变化和稳定 Dynamics and Stabilization of the Human Gut Microbiome during the First Year of Life 翻译：秋芒树 英国帝国理工学院 责编：刘永鑫 中科院遗传发育所 原文链接： https://www.cell.com/cell-host-microbe/fulltext/S1931-3128(15)00162-6 Cell Host a ...
