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QIIME 2教程. 07Cell帕金森小鼠Parkinson\'s Mouse(2020.11,最佳实战)
刘永鑫 2021-1-12 22:27
QIIME 2用户文档. 7帕金森小鼠教程 Parkinson’s Mouse Tutorial 原文地址: https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/pd-mice/ 本教程将使用来自 人源化(humanized)小鼠 的一组粪便样品,展示16S rRNA基因扩增子数据的“典型”QIIME 2分析。最初的研究, Sampson等,2016 旨在确定粪便微生物组是否有助于帕金森 ...
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QIIME 2教程. 06沙漠土壤分析AtacamaSoil(2020.11)
刘永鑫 2021-1-12 18:54
QIIME 2用户文档. 6阿塔卡马沙漠微生物组分析 原文地址: https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/atacama-soils/ 此实例需要一些基础知识,要求完成本系列文章前两篇内容:《 1简介和安装IntroductionInstall 》和《 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures 》。 本教程设计用于两个目的。 首先,它描 ...
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QIIME 2教程. 05粪菌移植分析练习(FMT)(2020.11)
刘永鑫 2020-12-28 20:22
QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习 Fecal microbiota transplant (FMT) study: an exercise https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/fmt/ 注意:本教程假定您已经完成 1简介和安装IntroductionInstall ,成功安装QIIME 2。 本教程计划在完成《 4人体各部位微生物组分析MovingPicture 》之后练习。它旨 ...
个人分类: QIIME2|1012 次阅读|没有评论
QIIME 2教程. 04人体微生物组分析Moving Pictures(2020.11)
刘永鑫 2020-12-28 20:21
QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组 “Moving Pictures” tutorial https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/moving-pictures/ 本节1.6万字,14张图,3个视频。阅读时间大约40分钟。 注意:本文学习需要安装好QIIME 2,请务必完成 1简介和安装IntroductionInstall 在本教程中,你将使用QIIME 2在五 ...
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QIIME 2教程. 03老司机上路指南Experience(2020.11)
刘永鑫 2020-12-28 20:20
老司机上路指南 QIIME 2 for Experienced Microbiome Researchers https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers/ 正文共:7000 字 0 图 1 视频 预计阅读时间: 17 分钟,视频时长 14 分钟 更新时间:2020年12月13日 本节我们将介绍如何使用QIIME 2处理微生物数据 ...
个人分类: QIIME2|862 次阅读|没有评论
QIIME 2教程. 01简介和安装 Introduction & Install(2020.11)
刘永鑫 2020-12-28 20:18
写在前面 QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程,10年来引用20000+次, 2019年Nature杂志评为近70年来人体菌群研究的25个里程碑事件——里程碑16:生物信息学工具助力菌群测序数据分 。为满足当前大数据、可重复分析的需求,北亚利桑那大学Gregory Caporaso教授于2016年起从头开发了QIIME 2,并获得了来自全世界79家 ...
个人分类: QIIME2|2081 次阅读|没有评论
QIIME 2教程. 32如何写方法和引用Citing(2020.2)
刘永鑫 2020-5-26 19:19
前情提要 NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台 1简介和安装IntroductionInstall 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experienced 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures Genome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析 5粪菌移植分析练习FMT Microbiome:粪菌移植改善自 ...
个人分类: QIIME2|968 次阅读|没有评论
QIIME 2教程. 31名词Glossary(2020.2)
刘永鑫 2020-5-25 20:18
前情提要 NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台 1简介和安装IntroductionInstall 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experienced 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures Genome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析 5粪菌移植分析练习FMT Microbiome:粪菌移植改善自 ...
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QIIME 2教程. 30补充资源SupplementaryResources(2020.2)
刘永鑫 2020-5-24 16:20
前情提要 NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台 1简介和安装IntroductionInstall 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experienced 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures Genome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析 5粪菌移植分析练习FMT Microbiome:粪菌移植改善自 ...
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