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- Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP安装和数据库布置
- 简介 MetaWRAP这是一套强大的宏基因组分析流程，专注于宏基因组Binning。文章于2018年9月15日发表于《Microbiome》。文章简介见参考文献链接。 软件开源，代码和教程如下： https://github.com/bxlab/metaWRAP 工作原理 metaWRAP工作流程 图中红色代表分析模块，绿色代表宏基因组数据，橙色代表中间文 ...
- NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
- 宏基因组数据分析中，经常会使用多种多样的数据库，如综述型的有NCBI非冗余核酸或蛋白序列库(NR)、KEGG、COG、eggNOG、RFAM等。专业型的数据库有CAZy(碳水化合物酶)、ARBD(抗生素抗性基因)、CARD、VFDB、PHI等众多数据库。同时基于这些数据库，又开发了很多软件、和在线服务器(web server)方便同行使用。 今天带大家 ...
- 用iTOL网站快速绘制颜值最高的进化树！
- 本文“宏基因组”公众号原创 作者：中科院微生物所 周欣 iTOL简介 大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，而且好看的图也能直接提升文章的档次，冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔，而你每次花了半个月时间做的进化树不是被老板嫌弃 ...
- 利用Gephi软件绘制网络图
- 作者：中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬 博士 利用Gephi软件绘制网络图 1. 生成物种相关性矩阵 此步骤需要在R语言环境下运行，依赖psych包，输入文件为典型的OTU表或属水平丰度矩阵，示例如下。 输入文件 FH_CK.txt 文件格式， CK为空白对照的5个重复；FH为处理组的5个重复；G1-G148为丰度大于0.2%的属 ...
- Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
- 采用cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图 作者：中科院微生物所 陈亮博士 本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node信息表格制作带有barplot信息节点的网络图。以安装文件夹下的样例数据为例。 软件安装(装过请跳过) Java安装 Cytoscape的使用需要依赖Java环境，根据不同的版本选择相应的Java程序，Cytos ...
- Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼
- 其它之前很多人都用过Conda，特别是生信科学家近两年都在用Bioconda，那叫一个妙不可言、根本停不下来。这里我郑重通知大家，Bioconda于今年6月2号正式发表于Nature Methods(IF=26.9)。吃水不忘挖井人，用过的写文章记得引用它。 Bioconda是生物软件库，可以利用Conda快速安装绝大多数生物学软件，让生物学家从 ...
- 压缩解压工具gzip、pigz、gtz大比较
- 软件测试于Ubuntu 16.04LTS ubuntu环境下默认~/bin为个人环境变量目录 比较Linux系统自带gzip工具、多线gz压缩工具pigz、以及最新适合fastq压缩又快又小的软件GTX(自称只有传统gzip的1/6体积，实测单线程速度快了3倍，体积减少为gzip的2/3大小) 软件下载和安装 gzip系统默认，无须安装 pigz多线程压缩工具，可通过Ub ...
- iTOL美化进化树实战：标签、枝修饰，分组着色
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- 进化树 一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化 之前讲了很多进化树的理论，但实战还是有困难。今天来一个树的实战。 http://itol.embl.de a, 基于3837个高质量基因组中31个单拷贝基因的最大似然树。最外圈展示分类组，中圈展示其来源，内圈展示植物相关的根相关基因，还可以在线iTOL查看可交互 ...
- 微生物组核心OTU鉴定usearch otutab_core
- 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档 otutab_core http://www.drive5.com/usearch/manual/cmd_otutab_core.html 鉴定核心微生物组——大多数样品中出现的OTUs，这也是Usearch11新增的功能。 本质上是统计每个OTUs在大量样品中 ...
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