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宏基因组微生物杂志简介及2020最新影响因子

已有 9422 次阅读 2020-6-30 05:52 |个人分类:新闻|系统分类:科研笔记

2020年6月29日,2019年度的影响因子发布了,各种影响因子汇总的文章瞬间刷爆了朋友圈。

作为本领域的专业公众号,每年都会借此机会系统介绍一下本领域的杂志,为同行文献阅读、文章投稿的杂志选择、以及毕业升职加薪助力。

祝大家2020都能实现自己的一个小目标,集齐CNS或子刊!

后台回复影响因子,获得2020最新完整版影响因子总表,同时还整理了微生物领域、生物技术与应用微生物领域、环境科学、以及精选本领域相关期刊等详细专业子表。

综合类

综合类就直接上CNS,也称NSC,不熟悉这个新词那应该还不算生物领域的同行。较去年相比,Nature微降0.3,Science微涨0.8,Cell上升2.4实现3连涨。

期刊名称2019201820172016
Nature42.7743.0741.57740.137
Science41.8441.03741.05837.205
Cell38.6336.21631.39830.41

自然 Nature

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期刊简介:IF(2019): 42.77(↓);中科院一区;周刊;版面费:无;年发文量:900篇

期刊网址:https://www.nature.com/

点评:公认最顶级的综合期刊,影响因子多年稳定在40左右,一直位于CNS之首。近年来微生物组文章多次成为封面,也是同行神往的杂志。但一年仅900多篇的版面,来自全球所有领域的一流高手竞争,发表一篇还是比考上清华难10倍以上(详见:在Cell、Science、Nature发表一篇论文究竟有多难?)。其首轮拒稿率就有85%以上,相信感受过其投稿被拒的同行们应该深有体会。Nature的投稿周期比较长,第一轮决定、一审和接收的时间中位数分别为8、45和224天,接收后还有2-3个月的修改和校对,通常1年能接收就算极幸运的啦!详见:https://www.nature.com/nature-research/about/journal-metrics

小编有幸投过三次,一次直接被拒,两次送审后被拒,至今无发表记录,希望有缘再见。Nature还是比较喜欢菌群研究论文的,发表过多次菌群专刊,我们收到最多的投稿解读都来自此杂志,相关链接如下:

以上这些全是Nature的文章,如果加上其子刊和综述类,占比可达本公众号涉及文章的50%,可见Nature系统在本领域的统治地位。

自然系统等级简介

首先要知道,自然杂志是一个自主办刊多达50本杂志的出版集团,自上而下分为五个等级体系,每一级如果被拒稿可依次往下申请转稿(transfer)。

  1. 自然(Nature)。综合期刊,接收最顶级的研究,同时要考虑非同行的读者可以阅读或有广泛受众的要求。年发文900篇文章左右,有略微增长的趋势,但限于纸质版和周刊的限制,文章量上升空间有限,版面极稀缺,此杂志绝对是让博士瞬间变博导的第一神器,如遗传发育所的李姗凭借Nature封面文章,博士毕业直接成为南京农业大学最年轻的教授、博士生导师,详见 https://baike.baidu.com/item/%E6%9D%8E%E5%A7%97
  2. 自然子刊(Nature XXX)。XXX代表专业领域顶级期刊,影响因子范围一般10 - 40,影响因子因学科不同存在很大差异,但不影响其作为各领域顶级期刊的地位。虽然自然生物技术(15年引影响因子43分)高于自然(38分)5分多,但很多文章仍是自然拒稿转投的产物。自然主刊的认可度和传播影响是其他子刊杂志无法比拟的。
  3. 自然通讯(Nature Communications)。简称NC,主要发表开创性研究成果,主要承接自然及子刊拒稿的顶级研究。开放获取,但收取文章处理费用(Article processing charges,简称APC)$5,380,近4万人民币(虽然子刊有可能没有通讯影响因子高,但定位是高于通讯的)。NC影响因子比较稳定,但发稿量逐年快速增加,19年发表5000多篇,中国是第二大发文国,近三年发表3639篇,照这速度发展不跌都很难。
  4. 通讯系列(Communications XXX)。承接自然子刊和通讯拒稿,要求有一定创新性研究成果,2018年创刊,其中与我们相关的通讯生物(Communications Biology)发文量908篇,今年获得首个影响因子 4.1,将来大概率在8分以上,值得关注。开源,APC $3,290,约2.33万元。 主页:https://www.nature.com/commsbio/
  5. 科学报告(Scientific Reports)。影响因子3.9,五连跌。即能承接上面4级筛选后的文章,肥水不流外人田;又可以抢占开放获取市场巨大的蛋糕,文章只要求科学性,不要求创新性,接收率60%。近3年发表文章6万多篇,中国大陆发表14,534篇,是本刊第二大金主(原来是第一大,本刊近年国内口碑差,中国发文量一年下降5千多篇)。要知道每篇文章的出版费用达人民币1.32万元(1870$),1.4万篇文章的资金流水近2亿多元。详见主页:https://www.nature.com/srep/

虽然目前自然出版集团杂志种类不多,但占领了各领域的高端用户,并作凭借其影响力,火力全开吸纳中低端用户,5级金字塔模式——精确满足不同层次客户的文章发表需求,在科研领域的影响力无人能比。此外Nature还众多知名机构合作期刊,如本土一哥Cell Research (20+),此外还有还众多npj开头的合作创办杂志,玩法多多,全面迎合快速发展的学术出版领域。

科学 Science

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期刊简介:IF(2019): 41.845(↑); 中科院一区;周刊;年文章数800篇。

期刊网址:http://www.sciencemag.org/

点评:顶级的综合期刊,生物领域CNS三巨头之一,文章正文篇幅短小,题材偏科普,要求受众广泛。近两年影响因子稳定40以上,审稿意见要求照顾非专业读者的可读性,还是很有前途的,近年来微生物组文章多次成为封面,也是同行神往的杂志。如上图左1的封面即为中科院微生物所王军老师共同一作的代表性研究成果。

小编也参与投稿过两次,一次直接被拒,只能换杂志了,最后我们投了《中国科学》;另一次投稿送审,第一轮大修并被拒,按要求补实验后重投,再次送审返回意见小修,并改Report为Article,并按审稿人建议将拟南芥的研究补充水稻和小麦的以拓展研究意义的广泛性和扩大读者群后,最终被《科学》接收,而且制作了封面但没有被选中。能搭上Science的车可让成果传播极广,即使我研究植物微生物组这么小众的领域,文章发表后当月阅读过万,一年引用高达61次(另一篇类似的工作在中国科学仅有15次引用),这也许才是大家想发CNS的最终目的——更广泛的科学传播。

Science也比较喜欢菌群研究,本平台导读过如下相关成果:

细胞 Cell

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期刊简介:IF(2019): 38.637(↑2.4); 中科院一区;双周刊;年文章数400篇。

期刊网址:https://www.cell.com

开放获取:$5900 (https://www.cell.com/rights-sharing-embargoes),4万多人民币,但好像能发表的人群中没人在乎这价格

点评:生物领域顶级期刊,CNS三巨头之一,文章正文篇幅长(Nature最多6个图,Cell允许7个图),要求机理解析清楚,学术性非常强,插图摘要(Graphic Abstract)是其杂志的一大特色,影响因子稳定在30以上,连续四年上涨。小编投过一次送审,建议大修并拒稿,按要求修改后连同审稿意见转投Nature Biotechnology一轮小修后接收。此外Cell杂志社的OA费用一般都价值不菲,很多在5000刀上以,详见 https://www.cell.com/rights-sharing-embargoes 有Cell各杂志文章AO价格表。

2018年三月推出的菌群专刊(上图左1),让无数同行为之疯狂:

本平台导读过如下相关成果,2篇研究,2篇方法,4篇综述和2篇新冠:

为什么我们很少推送Cell的Aritle文章呢?因为文章太长,无论是编辑整理,还是同行手机阅读,都不太适合。在文献科普导读领域,有热心肠己经非常专业了,有更深层次需求的专业人士,自然会仔细阅读原文。

美国科学院院报 PNAS

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期刊简介:IF(2019): 9.412(→);中科院一区;周刊;年文章数约3200篇。

期刊网址:http://www.pnas.org/

点评:其全称为 Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of America。曾经是综合期刊类影响因子世界第三,现己被后起之秀National Science Review、Nature Communications、Science Advances、Advanced Science等新兴期刊超越。但其强大的院士编委团队、总引用量还是可以和CNS比肩的。比较有特点的是院士贡献机制,每位美国科学院院士(包括外籍)每年最多可使用三次Contribute的机会,即采用审稿人指定两位同行院士直接审稿的机制。有人认为Contribute有灌水嫌疑,也有人认为此类文章更有价值(用人单位更愿意选择有多篇Contribute PNAS的作者作为引进人才,正是看中你院士导师对你的认可,和他强大的院士朋友圈,万一投稿不顺还可以求助前老板发动技能来个PNAS保底)。

值得注意的是,综合杂志上发表的生物学文章,一般真实引用都是高于杂志影响因子的(因为生物圈子足够大,学科交叉强,引文偏多三大因素),都是杂志中拉分的主力。如我们报导过的下面这篇文章,发表5年,引用800多次,比Nature平均引用还要高4倍多。

这里还要提另一个件事也能证明PNAS的江湖地位。某研究所4个人申请博新计划,2人各有一篇PNAS才9分全部入选,2人有Cell Rsearch近20分都没有入选。是对本国杂志不自信,还是更看重PNAS的国际影响力吗?个例,没有统计为意义!仅供参考。

自然通迅 Nature Communications

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期刊简介:IF(2019): 12.121(↑0.2); 中科院一区;通常简称NC,19年文章数5444篇。文章处理费用,$5380(近4万,真的好贵,发不起),中国是第二大发文国,17-19三年累计发表3639篇,平均每月过100篇,每天3.3篇,天天有也不算什么新闻了。

主页:https://www.nature.com/ncomms

影响因子较稳定,而其中的生物学文章更是拉分能手,但发文量持续增加,个人持看跌的态度。如:

Nature子刊

自然生物技术 Nature Biotechnology

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期刊简介:IF(2019): 36.558(↑5); 月刊,分类为生物技术与应用微生物(Biotechnology & Applied Microbiology), 中科院一区;年文章数100篇左右。

点评:本期刊文章量少,年均100篇左右,却拥有4万左右的引用量,影响因子波动3-5分比较正常,但无论它是30分还是40分,绝对不会影响它作为生物领域技术一哥的地位。小编参与投稿此杂志两次全中,一篇作为封面文章发表(上图右),另一篇是QIIME发表一年被近引500多次,以后有技术类的文章仍然首选此刊!

此刊发表有大量本领域的方法、软件、测评的文章,上图中的三期封面分别为:18年11月宏基因组建库组装方法19年2月超高速细菌基因组检索、和19年6月水稻根系微生物组,本平台均进行了专题报导。此外,我们还报导多篇此杂志文章如下:

自然方法 Nature Methods

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期刊简介:IF(2019): 30.822(↑2); 月刊,生物化学研究方法(Biochemical Resarch Methods),中科院生物化学研究方法 ( 一区 );年文章数150篇左右。

方法学神刊,影响因子在30左右波动,生物学软件方法、评测类文章能发于此,是很多同行的追求(极少数可发NBT,如PICRUSt 2和QIIME2,但可望而不可及),此杂志要求不仅要软件好用,更要结合具体科研项目提供新的发现。如扩增子领域的UPARSE、DADA2、UniFrac、SourceTracke、FEAST等,宏基因组领域的MetaPhlAn2、HUMAnN2、Salmon等均发表于此杂志,本平台报导此杂志文章如下:

Salmon是一个能看出平台重要性的例子。同一个软件在bioRxiv上两年多才引34次,发布在Nature Methods上不到2年就引用622次。相同时间引用差距达20倍,所以好方章有好的宣传平台太重要了,结果不言而喻。

其它自然子刊

自然子刊的成员非常之多,但定位均高于Nature Communications,虽然有些子刊影响因子低于NC,但也是有被拒后转稿至NC的机会。

下方再简介几个我们报导过微生物、菌群相关文章的子刊:

Nature Medicine:IF(2019): 36.130(↑6); 中科院一区;月刊,年文章数190篇。

Nature Genetics:IF(2019): 27.603(↑2); 月刊,遗传学 (一区);年文章数200篇。近5年影响因子连续下降,今年略微上升,也许和GWAS热度下降有关,但微生物组的GWAS才刚刚开始

  • Nat. Genet.:微生物如何适应植物的? 评论 正文

Nature Plant:IF(2019):13.256(→); 植物学 (一区)。 曾经的植物学霸主Plant Cell目前只有9.6,不知什么心情,但大家都很努力,比如PC也开办了公众号,要求接收稿件配套写好中、英宣传稿,也是很有效果的。

此外还有Nature Geoscience:IF(2019): 13.566;Nature Ecology & Evolution:IF(2019): 12.541 等杂志也会发表微生物组相关文章。

微生物组领域

目前微生物组还不是学科大类,最相关的分类是微生物、生物技术与应用微生物两个大类。

我们查询了Journal Citation Reports中的Microbiology类别共134本杂志,下图为前9名的杂志。公众号后台后台回复“IF”获得详细列表。

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我们发现有6本是综述,只有3本是研究论文型杂志,分别是Cell和Nature子刊,以及Microbiome,特点是全部10分以上。我们将先对研究型杂志进行简介,再系统介绍综述杂志。

细菌宿主与微生物 Cell Host & Microbe

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期刊简介:IF(2019): 15.923(↑); 月刊,分类为微生物学(microbiology)、寄生虫学(parasitology)和病毒学(virology), 中科院一区;年文章数130篇左右。

期刊网址:https://www.cell.com/cell-host-microbe

开放获取:$5200 (https://www.cell.com/rights-sharing-embargoes),近3.7万人民币,要是能中估计没人差钱

编委:杂志编委(Advisory Board)目前共有43人,共有三位华人入选,分别为美国科学院院士董欣年(Xinnian Dong
)、北生所(NIBS)的邵峰和中科院遗传发育所的周俭民研究员。

总结:前几年影响因子持续走高,去年下降2分,今年略微上升,近5年范围12-18分间波动,仍然保持微生物领域影响因子最高的专业杂志(综述除外,自然微生物综述34.2/临床微生物综述22.5高于此杂志),但一哥的位置也受到了新办Nature Microbiology的挑战。小编负责微生物组分析的文章有幸在此杂志发表过一篇,感觉标准和Cell差不多,特点是篇符长,对方法和数据公开要求严格,主要承接Cell中被拒的优秀微生物稿件。本平台也导读过多篇此杂志文章如下:

自然微生物 Nature Microbiology

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期刊简介:IF(2019): 15.5(↑1.2); 微生物学1区;18年文章数141篇,19年上涨至236篇。

期刊网址:https://www.nature.com/nmicrobiol

周期:第一轮决定、一审、和接收的中位数分别为5,41和206天。

随着微生物组领域大热,自然杂志虽然已经有合作发行的ISME统治微生物领域,但也继续发力自主创办了微生物学子刊,该杂志18年首次获得影响因子即破14,19年微涨,20年继续上涨,将来稿源会更加充足,水平有望进一步稳中提升,直接填补了本领域从40分(CNS)到10分(Microbiome、ISME)中间的巨大的空白地带。会与Cell Host & Microbe竞争专业一哥的位置,且稿件研究内容更加偏重机理,与ISME的文章类型存在较大差异。

在已经有Nature Reviews Microbiology的条件下,该杂志仍继续约大牛发综述,也接受软件类文章,充分保证其影响因子处于高位,估计明年可能拿下Cell Host & Microbe成为新一哥。

微生物组 Microbiome

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期刊简介:IF(2019): 11.607(↑1.2),三连涨; 网络刊,中科院一区;近4年文章数分别为63/154/220/151篇。

期刊主页:https://microbiomejournal.biomedcentral.com/

本领域我个人最喜欢专业期刊,名字起的好,发展没烦恼。当年我们创办公众号就想注册微生物组这个名字,结果被人抢注了。只能退而求其次选择了宏基因组。该杂志中国目前仅有两人在编委之列,分别为前华大基因组王俊(编委会成员),和南京农业大学的成艳芬教授(动物微生物组方向副主编)

本杂志获得影响因子仅有5年(微生物组兴起也就近10年),发文量逐年增长较快,但在19年有明显下降,有利于其进一步提高质量和提高影响因子。本刊在同行中影响很大,我们也导读过其多篇文章,偏方法多一些,估计将来会稳中有升。优点是网络期刊,不限篇幅,有的文章图很多,要求数据必须公开且尽量提供可重复代码;缺点也很明显,如图片全为位图不清楚且不可检索,文章质量和Nature子刊差距明显,没有封面等。

大陆为本杂志第二大稿源,近3年已发表100篇,下面是20多篇我们报导的文章,多半是同行发表文章的作者解读:

微生物生态交叉学科杂志 ISME Journal

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期刊简介:IF(2019): 9.180(↓);月刊,中科院一区;年文章量250篇左右。

期刊网址:http://www.nature.com/ismej

全称Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology(微生物生态交叉学科杂志),主编是英国纽卡斯尔大学的Ian Head
,也由Nature出版社发行,但是合作关系,微生物领域老牌顶级杂志,之前仅次于Cell Host & Microbe排名第二,目前被新办的Nature Microbiology和Microbiome超越,排名第4,但并不影响它在大家心目中的地位,而且文章类型偏生态和交叉学科,也与前3名的杂志定位明显不同。近5年发稿量和影响因子非常稳定。2019时中国仅有两人入选编委,全部来自上海交通大学,分别为生命科学技术学院副院长赵立平(高级主编Senior Editor)和海洋学院的张宇副研究员(编委会)。2020年5月新增2人,分别是南京土壤研究所的褚海燕研究中和香港中文大学的助理教授罗海伟。

本刊近3年中国发文83篇,仅少于美国德国法国排名第四,下在是公众号解读本刊的文章如下:

肠道微生物 Gut Microbes

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期刊简介:IF(2019) 7.740(→); 双月刊,SCI微生物领域1区。

期刊主页:https://www.tandfonline.com/toc/kgmi20/current

Gut Microbes获得第二个影响因子,与去年基本持平, 近三年文章数稳定在50左右。中国发文章较少,近3年仅发文4篇,下面是公众号解读的一篇:

美国微生物学会 mSystems/mBio

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期刊主页:https://msystems.asm.org/

mSystem 期刊简介:IF(2019) 6.633(↑);  微生物学一区,自2017年至今第3次获得影响因子,影响因子稳中带升,双月刊。由美国微生物学会主办,由Jack A. Gilbert创办并兼任主编,17-18年文章数量分别为77/133/202,逐年倍增,影响因子近两年也稳定于6以上。编委中2名来自中国,分别为中科院青岛能源所的徐健(高级编辑)和中科院南京土壤所的褚海燕(编委)。对中国较友好,中国大陆发文量仅次于美国,排名第2,近3年发文62篇。

下面是宏基因组公众号报导本杂志的相关文章:

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期刊主页:http://mbio.asm.org/

期刊简介: IF(2019) 6.784(→); 微生物学一区。近五年文章数从400增加到600左右,稳中带升,影响因子也稳定于6以上,审稿周期平均1.4个月,由美国微生物学会主办。编辑团队中无中国人参与,中国大陆发文量排名第4,近3年共发表125篇。

微生物学前沿 Frontiers in Microbiology

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期刊主页:http://journal.frontiersin.org/journal/microbiology

期刊简介: IF(2019) 4.235(→); 微生物学一区但较边缘,年文章数2000多篇,之前快速增加,2019年略有下降,影响因子稳定在4以上,审稿周期平均1.8个月。由于其巨大的发行量,我们平时会经常看到它的文章,我国是本刊第一稿源国,近三年发表2601篇。

应用与环境微生物学 Applied and Environmental Microbiology

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https://aem.asm.org/

AEM 期刊简介:IF(2019) 4.016(→);  微生物学二区,生物技术与应用微生物一区,半月刊。由美国微生物学会主办,年文章数量约为600篇左右。编委中1人来自中国,是中科院微生物研究所前所长刘双江。对中国较友好,中国大陆发文量仅次于美国,排名第2,近3年发文399篇。更多介绍详见下方链接:

其他微生物期刊

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临床传染病 Clinical Infectious Diseases

https://academic.oup.com/cid

期刊简介: IF(2019) 8.313(↓); 医学    1区、IMMUNOLOGY 免疫学 1区、INFECTIOUS DISEASES 传染病学 1区、MICROBIOLOGY 微生物学 1区。近五年文章数稳定在550左右,影响因子也稳定于9以上,今年首次降为8。

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生物膜与微生物组 npj Biofilms and Microbiomes

https://www.nature.com/npjbiofilms/

期刊简介: IF(2019) 7.067(↑),新杂志,第3个影响因子,实现二连涨(4→6→7); 微生物学一区。年文章数30左右,影响力非常有限。

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临床微生物与感染 Clinical Microbiology and Infection

https://onlinelibrary.wiley.com/journal/14690691

期刊简介:IF(2019): 7.117(↑2),近5年持续增长; 月刊;MICROBIOLOGY 微生物学 和 Infectious diseases 感染疾病 1区;近3年文章数分别为188/232/256篇,文章量稳定增长。中国大陆近三年有59篇文章发表,全球排名第10。

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公共图书馆-病原学 PLoS Pathogens

https://journals.plos.org/plospathogens/

期刊简介:IF(2019): 6.218(↓),近5年稳定6以上,但略微下降; 月刊;MICROBIOLOGY 微生物学、病毒学、寄生虫学1区;近3年文章数分别为620/565/534篇,文章量稳定但略微下降。中国大陆近三年有222篇文章发表,全球排名第3。

综述

自然综述:微生物学 Nature Reviews Microbiology

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https://www.nature.com/nrmicro/

期刊简介:IF(2019): 34.209(→),微生物领域唯一过30的杂志,月刊, 微生物学一区;年文章数50篇。随着微生物组领域大热,该杂志近5年影响因子持续走高,前年直接提高5分破30,去年又涨3分,今年基本持平。可见微生物组领域的大热势不可挡。

点评:自然综述系列,定位和自然子刊水平差不多,找最顶级的大牛写最全面的综述,基本都是约稿,被约的人都是在主刊和子刊发表系列工作、开创新领域的大佬们,能被约就是对你大佬身份的认可。近3年中国大陆发表9篇,排名第11位,表明我国在微生物组顶级领域的引领力和影响力仍需进一步提高。

作为连续走高且30分以上综述,确实篇篇给力,只要和你的研究相关,确实值得精读,一篇顶百篇,超级系统的入门材料,相关文献一网打尽。还不知道如何入行的,快找两篇和你相关的文章,读懂读透,可最高效入行。本平台报导多篇:

临床微生物学综述 Clinical Microbiology Reviews (CRM)

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https://cmr.asm.org/

期刊简介:IF(2019): 22.556(↑5); 微生物学 1区,唯一的20分档杂志,也由美国微生物学会主办,季刊;年文章数30-35篇。

微生物学与分子生物学综述 FEMS MICROBIOLOGY REVIEWS

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https://onlinelibrary.wiley.com/journal/15746976

期刊简介:IF(2019): 13.920(↑2); 微生物学 1区,由欧洲微生物学会(Federation of European Microbiological Societies, FEMS)主办,双月刊;近3年文章数分别为57/43/33篇,呈现逐年递减。

微生物学趋势 Trends in Microbiology

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https://www.cell.com/trends/microbiology

期刊简介:IF(2019): 13.546(↑2); 微生物学1区,由Cell出版,月刊;近3年文章数均为76篇。中国近3年发表20篇,排名第8。

微生物与分子生物学综述 Microbiology and Molecular Biology Reviews (MMBR)

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https://mmbr.asm.org/

期刊简介:IF(2019): 12.568(↓3); 微生物学1区,美国微生物学会主办,季刊;近3年发文20/17/15篇。近3年中国发表3篇。

微生物学年评 Annual Review of Microbiology

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https://www.annualreviews.org/journal/micro

期刊简介:IF(2019): 11(↑),近5年一直在10左右; 微生物学1区,年评是一类超长综述,相当于简单教程,通常几十页,按年发行,类似年鉴,本杂志自1947年起发行超过70年;近3年发文分别为37/24/30篇。近3年中国发表5篇。

微生物学现状 Current Opinion in Microbiology

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https://www.sciencedirect.com/journal/current-opinion-in-microbiology

期刊简介:IF(2019): 8.134(↑2); 双月刊;MICROBIOLOGY 微生物学 1区
;近3年文章数分别为123/109/72篇,文章量进一步下降,表明杂志稿源竞争激烈,但影响因子进一步上升,表明本领域发展趋势向好。

小编团队去年受邀撰写了一篇,而且正由小编主笔。此杂志只接受约稿,连注册和投稿的地方都没有,只能从编辑发给的邀请链接方可进入。Current系列是短文形式,要求3000字以内,一般1-2个图,与Nature和Annual的长综述完全相反。由于内容较少,这也限制了其影响因子,很难突破10。优点是短文章写作较容易,一般1周左右可完成初稿,但从此杂志文章量逐年下降,也看到了其难约稿的尴尬境地。因为10分以的综述确实很难约大牛,而且去年连7分不到,远低于我所的平均分,对老板一般没啥吸引力,助手写写还算凑合。而且此期刊对中国人约稿较小,近三年仅有4篇文章发表,全球排名19位。

由于短文学习容易,公众号也分享过多篇相关文章:

其他综述

微生物学评论 Critical Reviews in Microbiology 期刊简介:IF(2019): 7.349(↑2); 季刊;MICROBIOLOGY 微生物学 1区
;近3年文章数分别为42/44/41篇,文章量稳定。表明杂志稿源竞争激烈,但影响因子进一步上升,表明本领域发展趋势向好。中国近三年有20篇文章发表,全球排名第2,第一名居然是印度发表了22篇。

环境科学

水研究 Water Research

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https://www.journals.elsevier.com/water-research

期刊简介: IF(2019): 9.130(↑2),历史最高7分直接破9; 环境科学/水资源/工程 1区,由国际水学会(International Water Association (IWA))创办的期刊,近3年文章数分别为803/840/940篇,发文量和影响因子持续上升,审稿周期平均2.0个月。

GLOBAL CHANGE BIOLOGY

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https://onlinelibrary.wiley.com/journal/13652486

期刊简介: IF(2019): 8.555(→),影响因子近5年一直保持8~9之间,环境科学/生态学/生物多样性保护 1区,近3年文章数分别为424/491/321篇。近3年中国发文203篇,排名第5。

环境科学与技术 Environmental Science & Technology

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https://pubs.acs.org/journal/esthag/

期刊简介: IF(2019) 7.864(↑),影响因子4连涨;环境科学与生态学    1区,半月刊,年文章数1500篇左右。

国际环境  Environment International

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https://www.journals.elsevier.com/environment-international

https://www.sciencedirect.com/journal/environment-international/

期刊简介: IF(2019) 7.577(↓),影响因子结束3连涨。朱永官院士为本杂志主编之一,环境科学1区,月刊,近3年文章数分别为262/572/864篇,文章成年倍增,要小心影响因子跳水。近3年中国发文618篇,排名第2,与第一名美国相近。

清洁生产 Journal of Cleaner Production

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期刊主页:https://www.sciencedirect.com/journal/journal-of-cleaner-production

期刊简介: IF(2019) 7.246(↑1); 绿色可持续 、环境科学、工程环境1区,一年30期,年文章数量逐渐上涨,近4年分别为2006、2753、3801和4059篇。虽然IF也是持续上涨,但随着发文量的上涨放缓,明年的IF可能会有趋于稳定。近3年中国发文3,938篇,排名第1,占本杂志文章近一半的比重,真是对国人太友好啦。

点评:笔者19年初合作在上面发表过一篇,状态还是相当不错,一年多时间即被引用21次。

环境污染 Environmental Pollution

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https://www.journals.elsevier.com/environmental-pollution/

期刊简介: IF(2019) 6.792(↑1),影响因子2连涨。环境科学1区,月刊,近3年文章数分别为1084/1480/1615篇,文章量快速增,要小心影响因子跳水。近3年中国发文2184篇,排名第1,占本杂志文章近一半的比重,真是对国人太友好啦。

环境微生物 Environmental Microbiology

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https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/journal/14622920

期刊简介:IF(2019): 4.933(↓↑); 微生物学1区,月刊;年文章数378/365/308/324篇,整理较稳定。

经典老牌杂志,但影响因子大多数杂志是普涨的前提下,居然近5年形成下降趋势,今年又落回5分以内,很多博士又无法达到毕业要求了。近3年中国发文207篇,排名第2,感觉对国人也比较友好。

医学顶级期刊

医学领域四大神刊是每个医生或学生的梦想。其按照影响因子出场如下:

  • New England Journal of Medicine (NEJM, 74.699↑, 新英格兰医学杂志)
  • Lancet (Lancet, 60.392↑, 柳叶刀)
  • Journal of the American Medical Association (JAMA, 45.540↓, 美国医学会杂志)
  • British Medical Journal (BMJ, 30.223↑, 英国医学会杂志)

这四个杂志发表了很多微生物的文章,但目前与我的研究方向关系不大,很少读,希望将来有合适的课题,优势互补,开拓一下这些神刊。

肠道 Gut

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期刊简介:IF(2019): 19.819(↑2),只差一点点就过20大关了,明年应该有很大希望; GASTROENTEROLOGY & HEPATOLOGY 胃肠肝病学 1区,医学1区,月刊;年文章量近200篇。近几年肠道菌群大热,Gut上也表达了大量菌群研究的工作,每期必备Gut Microbiota栏目,也推动了本杂志影响因子6连涨,从10分达到今年19。

下文是中科院北京生科院赵方庆团队王金峰的作品,由一作导读的两篇文章。

本杂志相关文章的解读

国内杂志推荐

目前国内SCI杂志数量超过200种,有很多高水平的杂志值得关注,而且这些杂志也非常关注微生物组领域的研究,有好成果发表在国内好杂志,不是更好的选择吗?

细胞研究 Cell Research

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https://www.nature.com/cr/

期刊简介:IF(2019): 20.160(↑3); 细胞生物学 (一区);近3年文章数量76/68/61篇。一直是中国杂志IF的一哥,从15年前1分一路涨到现在的20多分,中国办刊的榜样。

我们报导过其中3篇:

真菌多样性 Fungal Diversity

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https://www.springer.com/journal/13225

期刊简介:IF(2019): 15.386(→); 真菌学一区;近3年文章数量21/23/20篇。紧次于CR,昆明植物所办刊,4年从6分升为15分,今年又能保持,真是可喜可贺。年发文量太少是唯一的缺点,限制了期影响力的进一步发展,但真菌的领域有员有限,文章多了更难保持影响因子。

蛋白与细胞 Protein & Cell

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http://www.protein-cell.org/

期刊简介:IF(2019): 10.164(↑)。中科院北京生科院所和生物物理所主办的杂志,饶子和院士任主编,近4年从3.8分稳步增长,今年影响因子破10,值得同行关注。2018年组织了微生物组专刊,今年再次组稿微生物组专刊2.0,我也有幸受邀撰写了一篇综述,过两天将在宏基因组公众号和大家分享中文翻译版。

分子植物 Molecular Plant

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https://www.cell.com/molecular-plant

期刊简介:IF(2019): 12.084(↑2)。中科院上海植生所主办的杂志,近10年从2分稳步增长,今年影响因子破12,值得同行关注。也非常关注植物微生物组领域,和病原菌等领域。

科学通报 Science Bulletin

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http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SB

https://link.springer.com/journal/11434

期刊简介:IF(2019): 9.511(↑3)。中科院主办的杂志,首次获影响因子即破4,3年跨越式发展破9,明年必破10。交叉学科综合类,近3年发文量为166/165/172,绝大多数为国内发文,潜力极大,也关注微生物组,同行值得同行关注。

基因组蛋白质组与生物信息学报 Genomics Proteomics & Bioinfomatics

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https://www.sciencedirect.com/journal/genomics-proteomics-and-bioinformatics

期刊简介:IF(2019): 7.051(↑1)。中科院基因组所主办的杂志,前年首次获影响因子即破6,去年基本持平,今年继续发力破7。文章偏生信、基因组和蛋白组,非常关注宏基因组。大家亲切的称它为基因组所刊,近期还成立了中国的大数据中心GSA,无论是投稿,还是数据共享,都值得同行关注。

小编在4年前投过此杂志,审稿和后期处理速度很快,从投到接收不到一个月,其工作效率可见其前途无量。

大科学 GigaScience

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https://academic.oup.com/gigascience

期刊简介:IF(2019): 5.993(↑1); 交叉学科1区;年文章数47/139/133/157篇左右。大家亲切的称它为华大学报,关注大数据还是有钱途的。

此杂志从前年的7.2直接跳水为4.6,还是挺吓人的,今年回升为5.9符合预期。原因主要有两点,1. 之前发表了Plink2软件引用占总引用的40%,但进入第3年不计入影响因子计算;2. 杂志这两年发文章直接提高了3倍也需要适应。以目前的体量,上升较难。此杂志还有一个特点是国内办刊,但发行国不是中国,而且国刊占比不是最高,投稿最多的是美国。

我们报导过其中两篇,分别为数据分析框架和MWAS分析的工作,如下:

此外,具我所知,中国农业大学的周欣教授,新加坡基因组研究所的李陈浩博士也都在此杂志上发表过多篇高水平文章,值得关注。

遗传学报 Journal of Genetics and Genomics

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http://www.jgenetgenomics.org/

https://www.journals.elsevier.com/journal-of-genetics-and-genomics/

期刊简介:IF(2019): 5.065(↑)。月刊,年文章量50篇左右。中科院遗传发育所、中国遗传学会主办的杂志,主编左建儒,影响因子近10年稳步增长,从0.3起步,今年成功破5,值得同行关注。

中国科学生命科学 Science China-Life Sciences

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http://life.scichina.com

https://www.springer.com/journal/11427

期刊简介:IF(2019): 4.611(↑)。月刊,近3年发文127/135/125篇。中国科学生命科学,由中科院主办,李家洋院士任主编,今年影响因子4.6,连续7年走高且实现3倍增长,预计明年将破5。审稿速度快,上图左1我负责分析的文章封面文章从投稿到接受只有7天,可见编辑部的工作效率,将来必有更大发展。但受总发稿量较大,题材广泛,很难有最快速发展。

目前已经开始关注本领域的研究,小编在此杂志发表过2篇文章,如前年6月的封面文章即为水稻微生物组相关工作,去年也发了一篇拟南芥微生物组的工作,是投资的潜力股,将来有机会破10的杂志,成为中国的PNAS,值得同行关注:

小知识:影响因子

影响因子的计算

ISI每年出版JCR期刊引用报告 (Journal Citation Reports)评估期刊的影响力。

JCR对12500多种期刊(网络版) 之间的引用和被引用数据进行统计、运算,并针对每种期刊定义了影响因子 (IF: impact factor)等指数加以报道。

影响因子计算如下:IF = (某刊前2年发表论文在该年的被引用次数) / (该刊前2年发表Article+Review论文总数)

提高引响因子的十条建议

根据上面的计算公式,我们发现可以通过增大分子(引用次数)、减小分母(论文总数)来快速提高影响因子。

具体的作法有哪些呢?

  1. 编辑的眼光:倾向选择将来2年内容易获得较高引用的研究方向和内容;
  2. 出版平台:同样的文章在Nature大平台曝光会比在bioRxiv上引用高5倍,目前国内杂志也多与Nautre、Cell、Springer等平台合作,借船出海,是当前比较好的选择;
  3. 社交平台:宣传很重要,成果由编辑部、作者共同经tweet、朋友圈和公众号介绍给同行;文章和杂志同行没听过,如何引用你!推荐杂志社要办自己的自媒体,如公众号,更要多与一些同行大号合作,如BioArt、植物科学最前沿、热心肠先生等合作。当然我们的“宏基因组”在本领域也是有一定影响力的,超9万多同行关注,欢迎同行杂志合作。现在Plant Cell接收的文章就要求必须提交中/英文的新闻稿件啦!
  4. 开放获取:没名气还收费,谁还愿把好文章投你。Protein cell坚持免费+OA的模式绝对良心杂志;
  5. 约稿大牛:这需要关系,发动编辑、主管领导、及二级人脉,无论什么手段,拿到高质量的稿件是最实在的东西;约大牛当guest editor:办热门领域专刊,只赚不赔;但一般杂志不好时,很难有人愿意投,除非是关系或院士贡献(院士发文章就不重要了,不需要别人评价他);
  6. 发表时间:通常年初发表的的文章,在JCR统计中更容易积累更多引用,杂志社倾向将高引文章年初发表,低引年末发表;
  7. 口味的倾向:现在生物学交叉学科众多,如生信、软件、方法和宏基因组等热门方向,都是生物杂志应优先考虑的;
  8. 综述:综述通常是比研究更容易引用的,一般引用率是研究型文章的2倍以上,保证一定比例的大牛综述很重要;
  9. 可视化和分析软件及流程:研究被引用频率不会太多,但通用的分析、可视化是很多人需要求,好的生物软件、在线server、分析流程绝对受同行欢迎,NAR的很多引用都来自其web server专刊;
  10. 减小分母:注意,有些文章是可以被引用,但并不计入影响因子计算的论文总数,如letters to the editor、comment、news、annoucement、outlook、persepctive等类型(其特点是没有摘要或参考文献的文章)不会作为Article或Review作为可引用文献被JCR统计,但它们的引用是统计入分子的。将潜在低引文章转换类型,增加这些类型文章的比例,增加存在感,减少文章作为分母。

杂志影响因子列表

仅列出了本领域我们熟悉的4分以上杂志列表,按影响因子排序。

注:文本版方便复制、检索

RankFull Journal TitleIF
2NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE74.699
5LANCET60.392
12JAMA-JOURNAL OF THE AMERICAN MEDICAL ASSOCIATION45.54
15NATURE42.778
16SCIENCE41.845
21CELL38.637
22NATURE BIOTECHNOLOGY36.558
23NATURE MEDICINE36.13
26NATURE REVIEWS MICROBIOLOGY34.209
35NATURE METHODS30.822
38BMJ-British Medical Journal30.223
44NATURE GENETICS27.603
64CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS22.556
71Nature Climate Change20.893
78CELL RESEARCH20.507
85GUT19.819
112National Science Review16.693
120Science Translational Medicine16.304
128Cell Host & Microbe15.923
129Advanced Science15.840
132Nature Microbiology15.54
133FUNGAL DIVERSITY15.386
164FEMS MICROBIOLOGY REVIEWS13.920
174Nature Geoscience13.566
175TRENDS IN MICROBIOLOGY13.546
184Nature Plants13.256
185Science Advances13.116
198Annual Review of Neuroscience12.547
199Nature Ecology & Evolution12.541
209Nature Communications12.121
212Molecular Plant12.084
224Microbiome11.607
244GENOME RESEARCH11.093
252Annual Review of Microbiology11.000
256GENOME BIOLOGY10.806
272Nature Protocols10.419
282Protein & Cell10.164
304PLANT CELL9.618
316Science Bulletin9.511
318PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA9.412
333ISME Journal9.180
334WATER RESEARCH9.130
368Cell Systems8.673
371Journal of Crohns & Colitis8.658
379NEW PHYTOLOGIST8.512
393CLINICAL INFECTIOUS DISEASES8.313
412CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY8.134
414Cell Reports8.109
439Gut Microbes7.740
486CRITICAL REVIEWS IN MICROBIOLOGY7.349
519CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION7.117
534npj Biofilms and Microbiomes7.067
539GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS7.051
575mBio6.784
656Cell Discovery6.255
660PLoS Pathogens6.218
718GigaScience5.993
987Journal of Genetics and Genomics5.065
1048ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY4.933
1216Science China-Life Sciences4.611
1439Frontiers in Microbiology4.235
1491Communications Biology4.165
1608APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY4.016

后台回复影响因子 或 IF,获得2019最新完整版影响因子、微生物、生物技术与应用微生物、环境领域杂志列表、精选本领域杂志影响因子等详细信息。

Reference

JCR https://jcr.clarivate.com/

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学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
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