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包吃包住包机票的培训你见过吗?云南高通量条形码培训班,截止5月31日

已有 1204 次阅读 2019-4-3 21:24 |个人分类:培训|系统分类:科研笔记

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2019年中国云南高通量条形码培训班

2019年云南高通量条形码培训班开始报名

感谢Doug Yu老师的组织

划重点

  1. 超值:全免费,包吃包住包机票
  2. 超强:老师来自本领域活跃的课题组,有丰富培训经验
  3. 超抢:全国15个名额,必须有一定的基础和合理的研究思路

注意本课程不包括细菌/古细菌/病毒的生物多样性

先看看往期培训的合影

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2016年高通量条形码培训班照片

再看看B格满满的培训中心

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2019年培训地点:The Linden Education Centre

简介

  2019年高通量条形码(metabarcoding)培训班即将于2019年10月15-26日在云南举办。
  
  DNA高通量条形码是一种快速发展的真核生物多样性评估方法,它结合了DNA分类学和高通量测序两种技术,有着非常广泛的应用范围,从环境影响评估、饮食重建、古生态学,到目标物种检验等,同时也结合了生态学、系统学和系统发育学、分子生物学、生物信息学和统计学等领域的研究方法。
  
  本次培训班由中国科学院昆明动物研究所主办,中国科学院专项基金资助,为配合国家“一带一路”战略的实施也推进,促进“一带一路”暨发展中国家生物多样性监测与保护方面的科技能力建设,培育与我院开展长期国际合作的发展中国家科技队伍,拓展和加强我院与“一带一路”国家的科技交流与合作。在此之前,我们还将举办为期一天的“一带一路”生物多样性保护前景聚焦国际研讨会,邀请相关领域的专家一同探讨“一带一路”生物多样性相关话题,并交流生物多样性监测的新技术及其发展与相关应用。   

日程

  此次培训班分为两部分,具体安排如下:

  2019年10月14日:“一带一路”生物多样性监测新技术发展与应用国际会议及前景聚焦(Horizon Scanning)国际研讨会

  2019年10月15-21日:高通量条形码培训班I(MSI)——高通量条形码及宏基因组学

  2019年10月22-26日:高通量条形码培训班II(MSII)——R统计学分析及实验技术   

  此次培训班将为30名学员(包括博士生、博士后和专业研究人员)提供国际旅费、中国国内旅费、食宿的资助。学员需要配备合适的笔记本电脑(详见下文),并支付自己的境外旅行、旅游签证和个人费用

  MSI:我们的目标是接待15名中国学生和15名其他国家的学生

  MSII:我们预计大约有一半的MSI学员将继续参加MSII的学习。   

申请

申请、学员筛选及准备工作

  学员可于2019年5月31日前将英文邮件发送至以下邮箱申请加入培训班:metabarcoding_cas@mail.kiz.ac.cn

  请准备一个PDF附件,包含以下内容:

  1、一个简短的简历

  2、说明您的研究将如何受益于基于DNA的生物多样性评估方法(请先阅读下面的课程安排,课程内容涵盖基于PCR和宏基因组学的方法)。项目描述内容150-200字。请注明您是否愿意参加MSI或同时参加MSI、II。   

  如果申请者超过30人(或超过15份来自中国以外地区的申请),我们将优先考虑以下学员:

  1、项目已有一定研究基础,且申请人明确培训技术在项目中可能的应用

  2、来自“一带一路”相关国家

  3、熟练掌握分子生态学和生物信息学技术(例如,能够使用Unix和R命令行,熟悉PCR原理)

  4、有良好的英语技能

  学员必须携带以下容量的笔记本电脑:≥8GB内存,≥150GB SSD自由存储空间,需要有macOS或Ubuntu Linux系统

  我们将给被录取的学生布置预备作业。  

授课教师

  • Kristine Bohmann(丹麦自然历史博物馆)
  • Frédéric Boyer(法国国家科学研究中心高山生态实验室)
  • Anthony Chariton(澳大利亚麦考瑞大学)
  • Shyam Gopalakrishnan(丹麦自然历史博物馆)
  • 唐敏(中国农业大学)
  • 刘山林(中国农业大学)
  • Douglas Yu(中国科学院昆明动物研究所;英国东英格利亚大学)
  • 其他指导教师(中国科学院昆明动物研究所)   

课程安排

  学校将分为讲座和实习两部分,授课语言为英语,授课现场有中文指导教师

  高通量条形码培训1(MSI):授课涵盖DNA高通量条形码和宏基因组学对真核生物不同方面研究的应用。obitools和DAMe实践课程教授学员学习从原始序列分析到物种×样本表建立的高通量条形码流程,以及R统计学分析。i/eDNA 实践课程将带领学员使用过滤器进行水样的采集。让学员在实践课程中进行PCR引物设计、基于DNA物种鉴定和应用于真核生物宏基因组学的电脑操作方法(Ji et al. 2019; Peel et al. 2019)。注意本课程不包括细菌/古细菌/病毒的生物多样性。

  所有学员必须做一个简短的演讲(7分钟)来介绍他们的项目,以及基于DNA的生物多样性评估方法将给他们的研究带来怎样的益处。培训的晚上,我们会做一个“Saw One, Did One, Now Teach One”的练习,即学员们将分成三个小组,互相教授当天的核心课程。在用餐时间,我们会调整座位安排,让小组成员互相描述他们的研究项目,并互相提问。简而言之,本课程将使用社交互动来帮助学习和记忆,请做好相应的准备。

  1. 高通量条形码流程
  2. 引物设计、检测和PCR条件优化
  3. obitools高通量条形码流程I和II
  4. DAMe高通量条形码流程I和II
  5. 水样本的取样方法和i/eDNA
  6. PCR和建库准备工作
  7. 分类方法
  8. 宏基因组方法
  9. 研究前沿

  高通量条形码培训2(MSII):为了补充MSI的培训效果,本课程将在基于计算机的实践课程中教授R语言统计分析,并在实践课程中教授实验方法。

  5次上午的培训内容包括:

  1. 一般线性模型(回归+方差分析)
  2. GLM(interactions, residuals analysis, ggplot2)
  3. 群落分析(iNEXT, iNextPD, vegan)
  4. 群落分析(NMDS, procrustes, permanova)
  5. 群落分析(mvabund, boral, betapart, UpSet & Euler, Krona, metacoder)

  5次下午的培训内容包括:

  1. 样品的采集. 储存. 长途运输
  2. DNA提取和对照. 定量
  3. PCR对照. 建立和纯化,良好的实验操作
  4. 为Illumina测序做DNA建库准备
  5. 与导师一起举办针对学员研究项目的讨论会     

培训地点

MSI:云南省大理市喜洲镇喜林苑(The Linden Centre)教学中心
  
我们将乘长途汽车从昆明到喜洲。大部分学生将住在教学中心的两座教学楼里,根据房间的供应情况,可能会临时做出必要调整。住宿将安排双人、四人间(同性别学员住一间)。课程在喜林苑的杨卓然院举行。

  喜林苑(The Linden Centre)教学中心:

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更多图片请访问以下网址

https://thelindencentre.blog/2018/11/03/the-linden-education-centre-yang-zhuo-rans-home/

吃住情况
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http://www.linden-centre.com/accomodation-post/commons/

MSII:云南省昆明市西南生物多样性实验室。

学员们会安排住在附近一家酒店,单人房或双人房。我们期望能够满足所有人的饮食偏好,包括素食者、纯素食者,以及对菌类和昆虫有严格饮食要求的人。  

旅行

  学员负责购买自己的机票预订并先付款,我们将在中国以现金形式报销。本次培训班只负担学员的国际旅费部分,学员还需负责自行支付签证费和境外城际旅行费用。您的航班应到达昆明长水国际机场(机场代码:KMG)。我们建议您于10月13日(星期日)到达,这样有时间克服时差问题,并可以参加10月14日的“一带一路”国际会议。只参加MSI培训的学生可以从10月22日开始离校。MSII的学生可以从10月26日晚上开始离校。   

要求

  我们将对性骚扰和其他形式的骚扰实行零容忍政策,且要求学生在上课前签署行为承诺。   

参考文献

  Peel, N., Dicks, L.V., Clark, M.D., Heavens, D., Percival-Alwyn, L., Cooper, C., Davies, R.G., Leggett, R.M., Yu, D.W. (2019) Semi-quantitative characterisation of mixed pollen samples using MinION sequencing and Reverse Metagenomics (RevMet). bioRXiv: https://doi.org/10.1101/551960

  Ji, Y.Q., Huotari, T., Roslin, T., Schmidt, N.M., Wang, J.X., Yu, D.W., Ovaskainen, O. (2019) SPIKEPIPE: A metagenomic pipeline for the accurate quantification of eukaryotic species occurrences and abundances using DNA barcodes or mitogenomes. bioRXiv: https://doi.org/10.1101/533737

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