采用cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图

作者：中科院微生物所 陈亮博士

本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node信息表格制作带有barplot信息节点的网络图。以安装文件夹下的样例数据为例。

软件安装(装过请跳过)

Java安装

Cytoscape的使用需要依赖Java环境，根据不同的版本选择相应的Java程序，Cytoscape 3.4.0使用Java8，不再支持Java6和Java7。不同操作系统选择相应的Java版本下载安装，详见 https://www.java.com/zh_CN/ 。

Cytoscape安装

Cytoscape 同样有适用于不同操作平台的版本，安装方法不尽相同。所有的版本都可以从 http://cytoscape.org/ 网站下载。Windows系统下双击exe应用程序开始安装；Linux和Mac OS X系统运行sh文件安装。

打开Cytoscape

本文以Cytoscape_v3.4.0为例，不同版本操作类似，略有不同请自行按思路进行修改进行。

1. 打开cytoscape并载入一个网络。

从主菜单选择 File → Import → Network → File…, 然后选择安装文件夹下的sampleData文件夹里的galFiltered.sif数据并载入。

1. 采用Network Analyzer产生一些节点或边的统计量。

从主菜单选择 Tools → Network Analyzer → Network Analysis → Analyze Network…, 最后点击 OK。计算结果将以常规表格的形式展示在结果部分。此部分也可以根据自己需要导入Node信息表格。

1. 制作一个新的Style。

选左侧择控制面板（Control Panel）部分的Style选项卡。点击 Options 按钮（左上方一个下三角形按扭），并选择Create New Style，然后填写一个名字作为你自己的新的style。如style1

1. 显示Image/Chart 1选项

查看Properties面板下是否存在Image/Chart 1 选项，如果没有，可以通过Properties下拉选项来添加，步骤为Properties → Paint → Custom Paint 1 → Image/Chart 1。

1. 单击 Image/Chart 1 选项处默认格子以打开Graphics 会话窗口。

1. 单击Chart选项，并确认Bar chart选项已经被选择。若想制作pie图，此处选择pie chart选项。

1. 现在你可以根据自己需要来选择Node table中要展示的数据了。Available Columns窗口展示了所有可以用于作图的数据。
   首先单击Remove All 按钮移除当前所有被选择的列（默认情况下，cytoscape会选择Available Columns的第一列）。

然后从Available Columns选择所有的Betweennesscentrality、ClosenessCentrality性质和ClusteringCoefficient列，并单击添加按钮，数据将被添加到右侧的选择列窗口。

1. 点击右下角的Apply应用按钮，被选择的数据将以bar plot的形式展示在节点上。

1. 修改结点颜色和形状

从图上可以看出圆形的节点并不适合展示bar plot图，因此我们可以将节点的形状改为正方形，填充颜色改为白色。方法为左侧属性中的Fill Color和Shape选项，最左边的按扭进行点击修改。

1. 查看结点

单击选择一个节点，选中时为黄色高亮。并选择上面工具栏中Zoom selected region放大查看细节（点击旁边的Zoom out挖扭退回查看完整网络），也可以根据节点名字从右上方的搜索框搜索感兴趣的节点。

1. 根据自己需要改变一些默认参数

再次单击 Image/Chart 1 选项处默认格子以打开Graphics 会话窗口。选择左下方的 Options按钮，然后可以根据自己需求设置颜色、标签、展示或者隐藏坐标轴、改变线宽和增加bar之间的距离。选择Show Domain Axis 和 Show Range Axis选项并在此点击应用，我们可以看到bar plot增加了x轴和y轴。

1. 修改美化bar图标签

此时我们看到bar默认的label在图上显示出来并不好看，实际上我们可以根据自己需要来改变此标签。
在Table面板(网络图下方)处，我们点击加号，选择 New List Column → String，并命名为domain_labels。在新增加列(托到下方滚动条至最右端)的任意单元格双击进入编辑模式，然后键入[“Bet. Cent.”,”Closen. Cent”,”Clust. Coeff.”,”Topol. Coeff.”]，然后右击相同的单元格，选择Apply to entire column。

再次打开bar plot编辑面板，选择Options按钮，在Domain Labels Column 下拉框中选择 “domain_labels”列，在Domain Labels Position下拉框中选择UP 45度，然后应用。结果如下图所示。

参考文献
http://manual.cytoscape.org/en/stable/Styles.html

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