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微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦!!!

已有 4578 次阅读 2018-4-23 23:22 |个人分类:宏基因组|系统分类:科研笔记

在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》,大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学,真正实现独立分析大数据。

关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》

课程简介

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。成立10个月关注人数近2万,累计阅读近2百万次。

为满足广大读者进一步学习的需求,现联合《生信宝典》组织宏基因组学专题培训课程,进一步学习和交流宏基因组学分析技术,手把手带您快速入门、节约宝贵的时间,助力科研成果早日产出。

课程涉及主要内容如下:

一、宏基因组学概述

  1. 背景:国际微生物组、中国微生物组计划
  2. 研究对象:人、动物、植物、环境
  3. 研究方法:培养组学、扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏基因组关联分析、宏表观组……
  4. 宏基因组学的研究热点:培养组、肠菌与疾病、MWAS……

二、宏基因组测序原理和实验设计

  1. 测序基本原理
  2. 肠道、环境、根系样品制备、实验重复和测序数据量的选择
  3. 正确设计实验组与正/负对照
  4. 样品制作和建库中的误区、注意事项
  5. 宏基因组分析SCI文章的常用套路
  6. 宏基因组与扩增子优缺点比较

三、宏基因常用结果解读

  1. 原始数据评估、组装结果好坏的判断
  2. 基于基因丰度样品、组间差异展示:相关性、PCA、PCoA、CCA等结果怎么看
  3. 差异KEEG及相关pathway通路图结果
  4. Cicos常用场景:基因拼接展示、分类功能基因来源分布
  5. 韦恩图、三元图展示三组及多组间相同与不同
  6. 网络图与分组、环境因子相关的意义

四、宏基因分析流程讲解及实战

  1. 实验设计的编写原则
  2. HiSeq数据的质控:fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
  3. 宏基因组拼接:megahit, SPAdes
  4. 拼接结果评估:quast
  5. 基于kmer样品和组间差异分析:sourmash
  6. 基因注释:Prokka、MetaGeneMark
  7. 构建非冗余基因集:cd-hit
  8. 基因丰度估计:bowtie2, bwa, salmon等方法快速基因丰度定量,后续可进行PCA、PCoA、CCA等整体组间差异比较;也可进一步进行edgeR、metastat、Lefse进行组间差异基因分析;
  9. 物种注释:获得非冗余基因集物种注释信息,结合第8步丰度值可进行组间差异物种分析;
  10. 基因功能分类注释:代谢通路(KEGG),同源基因簇(eggNOG)注释,结果8中丰度进行组间差异功能比较;

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五、高级分析与可视化实战

  1. R语言统计绘图与可重复计算
  2. 宏基因组中鉴定单菌(分箱bin):Maxin, metabin
  3. Bin结果评估及可视化:CheckM, VizBin
  4. 宏基因组可视化:Circos、Anvi’o
  5. 有参宏基因组分析:MetaPhlAn2、Humann2
  6. 在线绘图:METAGENassist
  7. 在线流程:megan6、MG-RAST
  8. 网络分析: igraph、WGCNA、Cytoscape

主讲教师

主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。

助教团队

十余名科学院、清华、北大博士(含在读),轮值讲师和助教,辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

培训时间

2018-07-14 到 2018-07-15 (线下讲解实战)
2018-07-21 到 2018-07-22 (可线上线下同时,照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点,半封闭式教学
报到时间:开课前的周五晚上准备晚宴欢迎大家,促进相互认识和了解

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

  1. 原价 6999 元/人,
    截止 2018-06-29  4199 元/人
    之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决,提供培训期间午餐)
  2. 名额有限,每次课程报名满30人后自动关闭报名通道
  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

暑期促销优惠活动

2018年6月底前报名且成功缴费的用户,不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序),更可同时享受如下四重优惠。

  1. 赠送价值188元线上生信基础课程一门,目前有《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
  2. 获赠32G品牌定制U盘 (内含数据资料)。
  3. 多人(N,10>N>1)组团报名并同时缴费,每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。
  4. 零元学习588元微生物扩增子实战分析,学员预先购买课程,待完成宏基因组线下课程者,返现90%(10%被腾讯课堂扣除)。

*注意事项

  1. 需自备笔记本电脑,系统不限(推荐使用Windows 10系统,8G内存更流畅)。课程实践提供云计算平台。
  2. 培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊。
  3. 上课期间禁止录音,录像。
  4. 成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;也可申请退款。
  5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用;开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
  6. 不可先延期再退款。

更多课程的详细介绍,请扫描下方二维码。

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http://www.ehbio.com/Training/
点击阅读原文跳转报名页

成为实验中不可或缺的人,赶快报名吧!

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为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外1500+ 一线科研人员加入。参与讨论,获得专业解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主编好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。
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学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
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