PICRUSt2分析实战：16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组、新增KEGG层级

热度 1 刘永鑫 2021-7-8 22:27

PICRUSt2分析实战：16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组、新增KEGG层级 更新时间：2021年7月8日 PICRUSt推出了近8年，引用5000余次。 现推出PICRUSt2，202年再次霸气发表于顶级期刊Nature Biotechnology，原文解读详见： NBT：PICRUSt2预测宏基因组功能 主页： https://github.com/picrust/picrust2 具有以下 ...

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微生物组-扩增子16S分析第12期(报名直播课免费参加线下2021.7)

刘永鑫 2021-4-13 18:40

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在 2021年7月23-25日北京 推出《 扩增子16S分析 》专题培训第10期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子分析实战学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+集中讲解答疑+上课视频回 ...

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QIIME 2教程. 27语义类型Semantic(2020.11)

刘永鑫 2021-2-4 23:03

语义类型 Semantic types https://docs.qiime2.org/2020.11/semantic-types 所有的QIIME 2的对象（documentation）都定义了语义类型。此文介绍了如何使用这些语义类型，如何在QIIME 2插件中定义新的语义类型。 为什么定义语义类型 Why define semantic types? 定义语义类型可以帮助我们确保被传递到某个动作 ...

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NatureProtocols：使用MicrobiomeAnalyst统计和功能分析微生物组数据

刘永鑫 2020-3-23 21:10

使用MicrobiomeAnalyst进行微生物组数据的全面统计、功能和元分析 Using MicrobiomeAnalyst for comprehensive statistical, functional, and meta-analysis of microbiome data Nature Protocols Impact Factor 11.334 https://doi.org/10.1038/s41596-019-0264-1 发表日期：2020-01-15 第一作者：Jas ...

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NBT：扩增子及其他测序的最小信息标准和测序规范(MIMARKS)

刘永鑫 2020-2-12 19:34

扩增子测序的最小信息标准和测序规范 Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications 译者：文涛 南京农业大学 责编：刘永鑫 中科院遗传发育所 Nature Biotechnology 2011-05-06 Articles doi: https://doi ...

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USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程

刘永鑫 2019-7-29 17:08

USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程 USEARCH中文帮助文档(USEARCH Chinese manual) USEARCH官方英文主页： http://www.drive5.com/usearch/ 本站经USEARCH作者Robert Edgar授权，由《宏基因组》公众号翻译的中文帮助文档和系列教程。 USEARCH简介 USEARCH是最好用的扩增子分析流程，在体积仅1 MB的软件中 ...

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NAR：MicrobiomeAnalyst微生物组分析师——统计、可视化和元分析微生物组数据的网页工具

刘永鑫 2018-11-20 21:59

微生物组分析师：统计、可视和元分析微生物组数据的网页工具 MicrobiomeAnalyst — comprehensive statistical, visual and meta-analysis of microbiome data 第一作者：Achal Dhariwal 通讯作者：夏建国 Jianguo Xia 主要单位：加拿大魁北克，麦吉尔大学，动物科学系，寄生虫研究所，微生物与免疫系，微生物 ...

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2019微生物组——扩增子16S分析和功能预测专题培训开课啦！

刘永鑫 2018-11-19 20:57

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在 2019年1月11-13日北京鼓楼 推出《 扩增子有参无参分析和功能预测 》专题培训第二期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集 ...

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