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没有root权限且在Linux系统离线安装GCC 12 的详细过程
2022-9-17 16:24
我们在做计算的过程中可能会遇到 GCC 版本过低的问题,如果使用的计算机系统没有 root 权限则有时候很难解决所遇到的找不到高版本 libstdc++.so.6 动态库的问题。这里笔者根据自己的经验总结了在没有 root 权限且没有网络连接时,离线安装 GCC 12 版本的详细过程,分享给大家并且方便自己查看。 1. 下载安装 ...
个人分类: 软件的安装|4113 次阅读|没有评论
Pymol 进阶:Python脚本的使用方法
2022-2-12 13:43
在介绍本次教程的主要内容之前,笔者向大家推荐一个很好的中文教程网站: http://pymol.chenzhaoqiang.com/index.html 。该网站提供了较为详细的 Pymol 使用教程。这里笔者根据自己的使用经验,着重介绍 Pymol 部分实用的功能。在这个网站( PyMOL scripts (queensu.ca) )可以找到大量实用的Python脚本以实现各种 ...
个人分类: 软件的使用|6799 次阅读|没有评论
MKL离线编译CP2K 7.1+Plumed的详细过程
2021-9-14 15:09
Plumed是CP2K的一个扩展包(其不只支持CP2K,还支持其他众多分子动力学软件),可以实现各种增强采样模拟及数据分析;包含的增强采样方法如Metadynamics、Umbrella sampling以及Basin hopping等。 为了在较老的超算系统上安装带Plumed扩展包的CP2K,笔者摸索了两三天。最终发现了一种可以在较老的系统上安装CP2K7.1+Plume ...
个人分类: 软件的安装|4603 次阅读|2 个评论
Ubuntu18.04编译VASP.5.4.1两种方法的详细过程(修改版)
2021-9-14 13:59
笔者曾在 2018-9-28 根据自己的经验总结了 VASP 在 Ubuntu 系统的安装方法,但是可能由于包含一些过时的信息而被屏蔽,这里笔者修改之后重新分享给需要的朋友并方便自己查看。 下面两种编译方法( gfortran 及 MKL 分别编译 VASP )均需要 VASP 源码包及其补丁,这些可以在官网或通过其他途径下载。 vasp.5.4.1.05Fe ...
个人分类: 软件的安装|4707 次阅读|没有评论
Pymol 入门:Pymol的安装与作图
2020-6-9 16:18
1. Pymol 在 Windows 系统中的安装 Pymol 是著名的分子结构显示与绘图软件,有企业版、政府和学术版、教学版,还有开源版。本教程使用的是 开源版 ,根据官网的介绍可知大家可以放心地把开源版用于学术研究 。由于 Pymol 是基于 Python 语言的软件,网上可以方 ...
个人分类: 软件的使用|11319 次阅读|没有评论
ASE 的安装及其与VASP 对接的方法
2019-9-2 20:55
ASE 的全称是 Atomic Simulation Environment ,是一款基于 python 程序语言的工具包合集。支持与很多 DFT 程序的对接( Abinit, CP2K, NWChem, Gaussian, Vasp 等),具有强大的提交计算、可视化及分析计算结果的功能。这里主要介绍 ASE 的安装及其与 VASP 对接的方法。我们知道,提交 VASP 计算任务之前需要准备 POTCA ...
个人分类: 软件的安装|16897 次阅读|没有评论
CP2K, NWChem 等在个人工作站上的安装
2018-8-13 20:38
目前为止,笔者接触 CP2K 将近一年了。个人能力有限,曾经几次尝试在集群上编译 CP2K 均以失败告终。令人欣慰的是曾成功在 Ubuntu 16.04 上(单节点的工作站)编译 CP2K 5.1 ,实际上 Ubuntu 16.04 支持预编译的 CP2K 2.6.1 ,可以直接用命令: sudo apt install cp2k* 进行安装。令人开心的是今年 4 月份 Ubun ...
个人分类: 软件的安装|9021 次阅读|没有评论
统计水分子间氢键个数的 Pymol 脚本
2017-11-21 19:58
笔者编写了一个统计水分子间氢键个数的小脚本,与大家分享一下。该脚本基于 python 3 编写而成, 可以直接应用于 pymol 软件。脚本的使用方法与在 pymol 中使用其他脚本的方法一样,即把 *.py 文件放到与 PyMOL.exe 相同的目录下,接着 run *.py ,此时 *.py 文件中扩展的命令生效,最后执行 ...
个人分类: 程序的编写|6719 次阅读|没有评论

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