1.      Pymol 在Windows 系统中的安装

Pymol是著名的分子结构显示与绘图软件，有企业版、政府和学术版、教学版，还有开源版。本教程使用的是开源版，根据官网的介绍可知大家可以放心地把开源版用于学术研究[1-2]。由于Pymol是基于Python语言的软件，网上可以方便地找到很多Python脚本实现功能的扩展[3]，比如给原子按照电荷量着色，计算氢键[4] 等实用的功能。

Pymol 在Windows 系统中主要的安装过程如下：

首先需要配置Python 环境：推荐使用Anaconda，下载与安装包对应的python 版本，比如cp37 对应的是python3.7版本。Anaconda的下载链接为：https://www.anaconda.com/products/individual。

其次下载依赖包：打开Anaconda的Prompt命令窗口依次执行pip install pmw，pip install numpy和pip install setuptools。

最后，根据小编自己的使用经验，这里推荐使用的安装包是pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl和pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl，它们的下载链接为：https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol。下载之后依次执行pip install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl 和 pip install pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl。

至此，免费开源版Pymol已经安装完成，在与Anaconda的python.exe 同目录下会生成PyMOL.exe，双击便可打开使用。

2.      Pymol作图的主要命令介绍

这里以苯分子为例，出图效果如下图所示。

首先把结构文件用Pymol打开，可把*.xyz文件拖入Pymol的显示窗口。然后依次点选File-Log file-Open 创建一个log文件（.pml）。相同的作图可以通过这个.pml批量作图，可以省略掉很多重复的操作。然后依次在命令窗口  输入下列命令：

bg_color white #背景设置为白色

select atom_c, name C #选择并命名原子

select atom_h, atom_c around 1.5

show sticks, atom_c #显示成键

show sticks, atom_h

set stick_radius, 0.1 #设置键的粗细

show spheres, atom_c #把原子显示为球棍模型

show spheres, atom_h

alter atom_h, vdw=0.48

alter atom_c, vdw=0.68 #设置球的大小

set_color atom_c = [128 , 73 , 41] #自定义C原子的颜色

set_color color_h= [255 , 217 , 217]

util.color_deep("a_ atom_c ", 'atom_c', 0) #设置C原子的颜色，也可以用blue，red等颜色的名称来设置

util.color_deep("color_h", 'atom_h', 0)

rebuild #更新设置

#为了作出漂亮的图，可以自定义原子的显示效果，主要命令如下：

/cmd.set('depth_cue','0','',0)

/cmd.set('line_smooth','1','',0)

/cmd.set('two_sided_lighting','1','',0)

/cmd.set('ray_interior_texture',1,'',0)

/cmd.set('orthoscopic','1','',0)

util.ray_shadows('none') #关闭阴影

set light_count, 2 #光源个数设为1个

set light=[-0.0,-0.0,-1.0] #光源的入射方向

set specular, 0.9

set shininess, 90

set direct, 0.5

cmd.zoom('center','6.5') #放缩图像

rebuild #更新设置

#以上是小编测试好的参数，能够做出图例那样的效果。读者也可以自己改变参数来作出令自己满意效果。

最后可以用下面保存并渲染图像的命令来作出高质量的图像。

cmd.png('myimage',width=5400, height=3600, dpi=600, ray=1)

参考资料：

[1] https://pymol.org/2/

[2] http://blog.sciencenet.cn/blog-529363-1165180.html

[3] https://pymolwiki.org/index.php/Category:Script_Library

[4] http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3311084&do=blog&id=1086234