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代谢组学如何验证?

已有 4800 次阅读 2020-3-31 11:53 |系统分类:论文交流| 代谢组组, 验证, 转录


目前代谢组学的文章越来越多,首先还是介绍下代谢组和代谢组的国际实验室

 

代谢组metabolome):代谢组是指某一生物或细胞、组织在一特定生理时期内所有的低分子量代谢产物的集合,主要是指分子量小于1200 Da的内源性小分子。

代谢组学metabolomics):对不同生物体、样本或组织所有代谢物进行定性和定量分析,并寻找代谢物与生理、病理、表型变化的相对关系的研究方式,是系统生物学的组成部分。

 


那么关于本期话题:代谢组怎么验证呢?

我们通过3篇文章的分享总结下:

1.Orrock J , Connolly B , Kitchen A . Induced defences in plants reduce herbivory by increasing cannibalism[J]. Nature Ecology & Evolution, 2017.(茉莉酸甲酯处理的番茄可以使甜菜夜蛾减少食草性)

2.Kou S, Chen L, Tu W, et al. The arginine decarboxylase gene ADC 1, associated to the putrescine pathway, plays an important role in potato cold‐acclimated freezing tolerance as revealed by transcriptome and metabolome analyses[J]. The Plant Journal, 2018, 96(6): 1283-1298.(精氨酸脱羧酶ADC1在马铃薯耐寒中的作用)

3.Guo J, Wang S, Yu X, et al. Polyamines regulate strawberry fruit ripening by abscisic acid, auxin, and ethylene[J]. Plant physiology, 2018, 177(1): 339-351.(多胺通过调节ABAAuxin以及ET来调节草莓的成熟)

 

 

1.茉莉酸甲酯处理的番茄可以使甜菜夜蛾从素食者到啃食同类

 

本文内容很短,但是观点很新:

本文通过喷施茉莉酸甲酯促进甜菜蛾自相残杀;

1)啃食同类直接减少食草动物的数量;

2)啃食同类使甜菜蛾吃的植物量明显减少;

这种以前未知的防御手段可能改变植物-食草动物的动态,植物进化和病原体传播。

通过这篇文章发现,外施关键代谢物质对于抗虫有作用,可以推广到抗虫抗病;


2.转录组和代谢组学分析显示与多胺相关的精氨酸脱羧酶基因ADC1在马铃薯的冷驯化耐寒性中起重要作用

 

通过本篇代谢验证:

1.外施关键代谢物质腐胺对马铃薯的耐寒性起改善作用;

  可以推广到 抗旱等其他抗性研究(如果这种代谢物是可以吸收的);
2.多组学验证:从表型,生理数据,基因表达验证。

 

3.多胺通过调节ABAAuxin以及ET来调节草莓的成熟

 

 

通过3篇发现,代谢组验证主要有以下几个方面

1.生理指标验证:通过检测总糖,总花青素等指标;

2.靶向验证:代谢组结果,通过靶向验证;

3.多组学验证:从表型,基因表达等其他数据验证。

4.外施关键代谢物质

1)做一些抗旱,耐盐,耐寒等实验,看是否有改善;(如果这种代谢物是可以吸收的)例如:马铃薯外施腐胺可以改善耐寒性;
2)抗虫(不知道刺吸式可不可以),抗病的实验可以是用外施关键代谢物质。例如:茉莉酸甲酯可以改变甜菜蛾的取食。

5.外施抑制剂

6.你还其他好方法不?

 

 

References

1.Kou S, Chen L, Tu W, et al. The arginine decarboxylase gene ADC 1, associated to the putrescine pathway, plays an important role in potato cold‐acclimated freezing tolerance as revealed by transcriptome and metabolome analyses[J]. The Plant Journal, 2018, 96(6): 1283-1298.

2.Guo J, Wang S, Yu X, et al. Polyamines regulate strawberry fruit ripening by abscisic acid, auxin, and ethylene[J]. Plant physiology, 2018, 177(1): 339-351.

3.Orrock J , Connolly B , Kitchen A . Induced defences in plants reduce herbivory by increasing cannibalism[J]. Nature Ecology & Evolution, 2017.

 

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