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NETWORK5010绘制单倍型网络图

已有 13579 次阅读 2019-1-4 18:14 |个人分类:软件|系统分类:科研笔记

NETWORK绘制单倍型网络图

 

DNASP生成rdf文件:

将文件(*.fas或者*.phy)导入DNASP中,选择Generate——Haplotype Data File


点击Haplotype Data File后,弹出对话框,选择右下角的Roehl Data File——点击OK,生成rdf文件,关闭DNASP


NETWORK绘制单倍型网络图:

打开exe程序


Data Entry——Import rdf file  弹出对话框,选择DNA Nucleotide data,选择Continue


选择之前生成的rdf文件,点击“打开”,之后出现右边的界面,如有有需要改的地方可以在这里进行编辑,然后点击“save”重新保存一个rdf(若无需要改的地方,可以直接save)


出现对话框,点击OK关闭即可。点击Exit退出,出现对话框,点击OK


回到主页面,点击Calculate Network——选择第二个:Network CalculationsMedian Joining,弹出窗口后,选择File——Open——找到刚才保存的rdf文件


点击Calculate network 自动运行,结束后弹出窗口,保存成*.out文件


点击Draw network,弹出窗口,选择File——Open,导入刚才保存的out文件


注意:在右下角的下拉菜单中要选择*.out,不然找不到相应的out文件。其他几种格式文件是在其他条件下生成的,具体可见说明书。


将文件导入后自动绘制网络图,弹出窗口点击OKYES即可

点击Continue继续绘制,点击Finalise终止


最终结果如下图所示,可以对图片进行放大缩小或者是上下左右移动。右侧可以选择不同参数,每个参数代表的意思请参见说明书,或者是依次点击尝试。


右键单击黄色圆圈,可以对单倍型设置不同的颜色和相应颜色对应的个体数


拖动单倍型时,要点击相应的线,等其变粗后进行拖动,以免改变线段长度

选择File——Save保存文件,但是只能保存成bmp格式图片,很不清楚,因此不建议在这里浪费太多时间调整颜色和线条粗细,确定单倍型大小和位置后,可以在PPT或者Illustrator中进行绘制。

操作说明.pdf




https://wap.sciencenet.cn/blog-3152652-1155330.html


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1 王永杰

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