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Best practices for analysing microbiome的个人理解

2018-8-9 18:00

文章：Best practices for analysing microbiomes 杂志：Nature Reviews 时间：2017 自然微生物综述(2017 IF：31.851)于2018年5月23日在线发表了Rob Knight亲自撰写(一作兼通讯)的微生物组领域研究方法综述。对此文的详细介绍可见： http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1122300.ht ...

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cfRNA用于预测早产

2018-6-15 16:38

文章： Noninvasive blood tests for fetal development predict gestational age and preterm delivery 杂志：Science 年份：2018 第一：cfRNA胎龄的预测 We then built a random forest model to predict time from sample collection until del ...

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metagenome可视化工具Krona

2018-6-13 14:26

Krona的原文参考详见 ： https://github.com/marbl/Krona/wiki 具体在Windows和Linux的安装和基本使用见： https://github.com/marbl/Krona/wiki/KronaTools https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/80646056 根据个人使用经验： 1）windows下使用时 需要用带宏的 ...

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PCA、PCOA图的方法

2018-3-20 17:42

最近画pcoa图，早期基于ggplot2的方法感觉没达到希望的效果，为此检索了一下，发现有如下材料可供参考： 策略1: http://userweb.eng.gla.ac.uk/umer.ijaz/bioinformatics/ecological.html 策略2: https://cran.r-project.org/web/packages/ggfortify/vignettes/plot_pca.html 策略3: https://stackoverflow.com/ ...

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DeepARG在Linux安装中遇到的问题

热度 1 2018-2-28 15:15

Microbiome在2018年发表了一篇基于深度学习鉴定抗性基因的工具DeepARG（ https://microbiomejournal.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s40168-018-0401-z?site=microbiomejournal.biomedcentral.com ） 按照 https://bitbucket.org/gusphdproj/deeparg-ss 上的说明，对DeepARG在Linux系统上进行了 ...

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metagenome分析流程YAMP在linux环境下遇到的问题

2018-1-26 15:06

针对metagenome的数据分析，2017年YAMP发布（https://www.biorxiv.org/content/early/2017/11/21/223016），此工具主要利用 MetaPhlAn2和 HUMAnN2 近期在linux环境下进行了安装和分析，期间遇到的问题有： 第一类错误：Cannot run program qsub (in directory /): error=13, Permis ...

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抗性基因数据库_ARDB

2018-1-24 17:31

文章：ARDB-Antibiotic Resistance Genes Database 年份：2009 ARDB的建立过程： 第一步：每种抗性基因的代表序列确定。First, the sequence of an experimentally confirmed respresentative was identified for every type of resistance, based on literature searches and meta-information pro ...

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微生物数据的Enrichment analysis

2018-1-18 17:46

浏览到在microbiome领域内，出现了一款类似于DAVID的在线Enrichment Analysis工具 http://www.cuilab.cn/micropattern Enrichment Analysis的原理就是超几何检验 其中的关键在于背景数据集的整理：文章总共 we have curated 483 microbe disease associations from 61 publications. 文章全文( http://sci-hu ...

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ubiome SmartGut kit的报告

2017-11-9 21:41

ubiome针对临床应用场景开发了SmartGut试剂盒，针对相应的检测报告， uBiome SmartGut Sample Report.pdf 基于metagenome的技术，开发临床适用的产品，是很多机构在摸索的方向，ubiome针对此，做了很好的探索。 在国内市场，有必要结合具体的应用场景，给出适合实际情况的监测报告。 &n ...

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