RGI结合CARD数据库用于抗性基因的预测

在Linux环境中安装RGI，遇到一系列问题，特此记录：

1）利用conda进行RGI的安装，参考网页https://anaconda.org/bioconda/rgi

conda install -c bioconda rgi 

效果如下（未有报错信息）：

利用rgi --help运行时，提示如下错误

Traceback (most recent call last):

  File "*/rgi", line 11, in <module>

    import package.rgi.rgi

  File "*/rgi.py", line 158

    print "DB exists"

                    ^

SyntaxError: Missing parentheses in call to 'print'. Did you mean print("DB exists")?

2）怀疑是安装方式的问题，https://github.com/arpcard/rgi  下载rgi安装包

pip install .

运行后结果未提示错误，重新运行rgi --help

报错信息如下：

No module named 'pyfaidx'

pip install pyfaidx成功安装

3）再次运行rgi --help，报错信息如下

No module named 'ahocorasick'

尝试运行

pip install 'ahocorasick'

报错信息如下

No matching distribution found for ahocorasick

Google后查到ahocorasick已改名为pyahocorasick

pip install 'pyahocorasick'

报错信息如下

ERROR: Command errored out with exit status 1

Google查到前人经验如下https://github.com/conda/conda/issues/5714

运行

conda install -c https://conda.anaconda.org/conda-forge pyahocorasick

4）重新rgi --help，提示安装成功