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rpy2的安装

已有 2470 次阅读 2023-1-24 20:40 |个人分类:BioIT|系统分类:科研笔记

1. 直接采用pythonR安装

我这里python采用python_v3.7.8R采用4.1.0版的,注意:搜索了一下,发现R 3.xx版的没有libR.so文件,所以不要用R 3.xx版。

先安装rpy2版本为3.4.5,如下:

pip3 install rpy2==3.4.5

 

这时候导入rpy2的库会报错,例如import rpy2.robjects as R

会出现如下,报错。在R liblibR.so没有找到

但是事实上这个文件是存在的

 

只是因为它不在LD_LIBRARY_PATH中,将其添加即可

export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/R/R-4.1.0/lib64/R/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

 

这时候再import时,可以成功导入:




https://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1373304.html

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