bedtools是使用率很高的生信工具，将其整合到python中(pybedtools)，可以方便的调用，这本来是一件很好的事，但是遗憾的是pybedtools还是很不成熟，存在一些bug，我遇到的一个filter bug如下：

>>> from pybedtools import BedTool

>>> sampleA = BedTool("sampleA_raw.bed")

>>> print(sampleA)

chr1     40130793        40131513

chr1     40261767        40262522

chr1     40273326        40274035

chr2     6744599          6745299

chr2     9114431          9115158

chr2     15428403        15429102

>>> sampleB = BedTool("sampleB_raw.bed")

>>> print(sampleB)

chr1     40260000        40270000

>>> print(sampleA.intersect(sampleB, wo=True))

chr1     40261767        40262522        chr1     40260000        40270000        755

>>> sampleA_chr1 = sampleA.filter(lambda x: x.chrom=="chr1")

>>> print(sampleA_chr1)

chr1     40130793        40131513

chr1     40261767        40262522

chr1     40273326        40274035

>>> print(sampleA_chr1.intersect(sampleB, wo=True))

>>> 

>>>

sampleA filter之后再与sampleB做intersect时居然是空的！

出现这个bug后，我发现pybedtools官网上没有提供类似github Issues的入口，遇到bug无法反馈，这太糟糕了！

所以，尽量还是使用bedtools而非pybedtools