科学网—zjxu的博文

2021年(4)：PWO-CPI：基于化合物的结构图像预测化合物与蛋白质的相互作用

徐志建 2021-12-14 08:48

预测化合物和蛋白质的相互作用 (Compound Protein Interaction, CPI) 的可以加快药物的研发与疾病的治疗。目前对于 CPI 的研究大多是基于序列（ SMILES 或 FASTA ）或图结构（ graph ）。受计算机视觉领域最新研究成果的启发，华东师范大学计算机学院张倩 / 钱莹等提出从一种全新的视角，即利用分子图像（ i ...

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2021年(3): 新冠病毒免疫逃逸机制的计算模拟及预测

徐志建 2021-9-24 18:53

由新型冠状病毒（ SARS-CoV-2 ）引起的严重呼吸道感染疾病新冠肺炎（ COVID-19 ）已经在全球流行一年多，累计病例已超 2 亿，死亡人数超 400 万。国内外已经研发并批准了多个新冠疫苗上市，在预防病毒传播和降低住院及危重症病例方面都有良好的效果，给人们带来了彻底控制新冠病毒的希望。但随着病毒的不断传播， ...

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2021年(2): D3DistalMutation——远端突变显著影响酶的活性

徐志建 2021-6-30 12:57

酶是一种非常重要的生物催化剂。在生物体中，酶能够加速化学反应并参与几乎所有的新陈代谢过程；在工业上，酶在催化抗生素合成和降解污染物方面发挥着不可或缺的作用。人们知道，酶的氨基酸突变可以影响其生物活性。这可以理解为，活性位点中的氨基酸或那些在空间上接近活性位点的氨基酸如果发生突变，将直接或间接影响酶 ...

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2021(1): 上海药物所开发基于配体的抗新冠肺炎药物靶标预测和虚拟筛选平台

徐志建 2021-1-27 09:00

上海药物所开发基于配体的抗新冠肺炎药物靶标预测和虚拟筛选平台 2003 年的非典（ SARS ）、 2012 年的中东呼吸综合征（ MERS ）和 2019 年的新冠肺炎（ COVID-19 ）均是由冠状病毒引起的。截至目前，尽管新冠病毒特效药仍未浮出水面，但有众多化合物已被报道具有抗冠状病毒活性，其中包括 ...

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2020年(5): 基于能量和结构的二维增强采样方法ossPTMetaD的发展与应用

徐志建 2021-1-4 13:55

蛋白质的功能发挥与其构象变化密切相关。因此，研究靶标蛋白的动态行为对理解其生物学功能以及药物发现与设计至关重要。分子动力学（ MD ）模拟能够从原子水平上监测蛋白质结构的动态变化，然而常规 MD 受限于其低采样效率，且易陷入局部极小值。增强采样方法通过各种原理提高 MD 采样效率，已成为研究蛋白质大规模 ...

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2020年(4): 三氟甲基取代对化合物活性的影响

徐志建 2020-12-30 12:38

随着含氟药物研究的发展，在药物分子中引入三氟甲基（ –CF 3 ）已经引起研究者们越来越多的关注。由于 –CF 3 具有强吸电子性、亲脂性和稳定的 C-F 键等特征，将其引入到有机化合物中能够显著改变化合物的物理化学性质和代谢稳定性。但 –CF 3 取代对化合物生物活性的影响还未得到深入研究。针对该 ...

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2020年(3): 新冠病毒刺突蛋白与宿主ACE2受体亲和力计算研究获进展

徐志建 2020-12-17 14:19

席卷全球的新冠病毒肺炎（COVID-19）是由SARS-CoV-2病毒引起的。新冠病毒的刺突蛋白位于病毒表面，介导病毒与宿主细胞ACE2受体的结合，从而帮助病毒入侵和感染宿主，并因此成为许多疫苗和抗体药物的靶点。研究发现，新冠病毒刺突蛋白的受体结构域（RBD）与ACE2受体的结合能力比2003年的非典SARS-CoV病毒更强。然而，在刺 ...

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2020年（2）-卤键本质与理论描述方法研究进展与展望

徐志建 2020-7-5 16:52

卤键是一种被广泛应用于药物设计、晶体工程和材料科学等多个领域的非共价相互作用。近日，受美国化学会出版的化学信息学和分子模拟核心期刊 Journal of Chemical Information and Modeling 邀请，中科院上海药物研究所徐志建 / 朱维良团队撰写 Perspective 文章，总结了近年来对卤键本质的探讨工作及量子力学 ...

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2020年(1): 抗新冠肺炎的药物靶标预测及虚拟筛选网络应用平台D3Targets-2019-nCoV

徐志建 2020-5-8 21:21

近日，《药学学报》英文刊（ Acta Pharmaceutica Sinica B ）发表了中科院上海药物研究所开发的基于互联网的抗新冠肺炎（ COVID-19 ）的药物靶标预测及虚拟筛选平台（ D3Targets-2019-nCoV ），该平台既可以为活性化合物预测潜在的作用靶标，也可开展基于多靶标多位点的药物虚拟筛选，以期推动抗 COVID-19 ...

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2019年总结3-上海药物所发展出药物结合口袋的动态特征及相关性分析新方法与应用平台：D3Pockets

徐志建 2019-12-21 12:29

一、引言药物分子一般都是通过与靶标蛋白结合而发挥药效的。蛋白质上往往同时存在多个空腔，其中能和小分子结合并发挥调控蛋白质功能的空腔称为可药性口袋。不同于结晶状态，生物体中的蛋白质结构总是不停地运动变化着的。因此，蛋白质上药物结合口袋位置及动态性质等信息对基于结构的药物设计及先导 ...

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