系统生物工程是系统生物学的工程应用，又称为合成生物学。

在起初的结构论，就是开始于系统科学与综合（synthetic）哲学对偶概念的思考，概念起源于莱布尼兹、康德和斯宾塞的数学和科学思想，以及怀德海和朱熹的有机论思维；然而，最初的系统生物学是系统论和数学方法的理论生物学概念，合成生物学是化学合成生物分子和形态（form）的概念。

实际上，系统生物工程的概念，包含而又不止于合成生物学概念，核心思想是整合计算机科学、纳米技术与生物工程等，终极目的是有机体纳米机器人。

人工生命最初概念是计算机软件方面的概念，合成生物学延伸到人工生物系统之后，又与人造生命联系到了一块。计算机科学和软件技术在计算生物学和远程数据库等领域的应用，尤其成为了系统医学与药物学的方法和技术方面，机器智能，则是在生物计算机和纳米细胞机器等技术和方法的关系。

目前的计算机和机器人，只是认知、神经科学和生物力学、机械等比较粗糙和简单的仿生技术，未来将深入到人工细胞和纳米分子层次的精细和复杂机器设计与制造。有机体纳米机器人 - 或称生物机器，以及硅电子元件与有机分子元件整合、“干”的仿生机器与“湿”（活体）合成细胞等接口的未来机器人。
实现机器人的自复制、自学习和自进化，就不仅是机器人的机体制造、信息数据的软件技术，而且，也是智能的进化机制的设计。

因而，机器人的设计与制造，也将涉及机器人的伦理和法律规范的制定。

-（转化与工程医学）-