文化传统缺乏时代诠释和模式转换，管理体制缺乏时代发展和模式转型，不应该是历史上的文化或传统思维干预文明，而是不求创新、固步自封导致文明发展的停滞。

在科学发展过程，科学范式，包括，知识组织方式、科学研究方法和管理建制等，也存在一个方法论的还原而导致的停滞不前。

如同，研究对象的还原论，研究方法的还原论是将高层次组织化的方法体系解构到低层面的方法构件。

系统生物学 – 遗传学、医学与生物工程，建立在实验科学 – 技术和工程等与系统科学 – 理论和数学等的整合基础上，也不等同于或不能还原为系统科学的研究。

在系统生物学、系统医学，存在一个范式上的还原论问题，在系统遗传学也存在很明显，比如，基因组学的医学、表观遗传学，或数量性状、统计遗传学等，可以作为研究的前奏、对象或方法切入，却并不等同于系统遗传学。

“基因型-表现型”信息与图式转换的复杂系统动力学和发生进化过程，涉及图论、网络拓扑学和矩阵数学等模型，分子网络、细胞动力学和细胞系图谱等模拟，以及全基因组关联分析、遗传变异和多样性分析、复杂性状与表达谱分析等。

生物系统理论 – 体现为系统科学的理论在生物系统数学模型的计算机模拟，在结构论为图论、拓扑学的结构模型等。系统与合成生物学 – 体现为生物系统和人工生物系统的研究方法，系统遗传学与医学 – 体现为生物系统与疾病发生的机理与过程研究。

然而，同样存在的一个问题，将遗传机理与临床医学研究，分解到系统生物学的技术方法层面，或传统医学的整体、系统思维的初级理论层面。

典型的现象之一：

生物分子标志的组学分析与检测 – 其实，仍然属于系统生物学的组学生物技术学，还原到分子的数量规模、个体的基因组测序、表达谱分析等。

典型的现象之二：

中医药学或传统医学的整体思维 – 哲学层面的整体和初级阶段的系统、模型方法等思维原型，将之等同于分析与综合渗透的系统科学理论和数学方法，也属于方法上理论层面的还原论。

-（科学范式的组织化理论）-