博文
- Linux下MATLAB提交脚本
- #!/bin/bash #PBS -N matlab #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -q q2 #PBS -e err #PBS -o out echo $PBS_O_WORKDIR NCPUS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` echo $NCPUS #Run your executable #echo starting #date cd $PBS_O_WORKDIR /home/yyhxwhd/matlab -nodispl ...
- SIESTA输入文件自动获取程序 cell2fdf.f90
- program main !------------------------------------------------------------------------------------------- ! This program can be used to convert myfile.cell file (obtained from Material ! Studio software by runing CASTEP modules ) to myfile.fdf ! To run this program ,you have to compile a ...
- VASP光学性质计算
- ！++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ INCAR parameters NBANDS=600 LOPTICS= .TRUE. NEDOS = 2000 !+++++++++++++++++++proc.m++++++++++++++++++++++++++ load sb.dat load xb.dat sb_E=sb(:,1); sb_x=sb(:,2); sb_y=sb(:,3); sb_z=sb(:,4); sb_xy=(sb_x+sb_y)/2; xb_E=xb(:,1); xb_x=xb(: ...
- siesta-NetCDF 编译
- 首先是安装netCDF #--------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 出现警告 /share/apps/intel/composerxe-2011.5.220/compiler/lib/intel64/libimf.so: warning: warning: feupdateenv is not implemented and will always fail NetCDF ...
- split_DOS 文件加和
- 实用split_dos脚本处理DOSCAR会产生几十个DOS文件，下面bash和MATLAB配合即可实现预期功能（sumdos.sh） list= 9 10 11 12 13 14 15 16 18 19 20 21 22 23 24 25 29 30 31 32 33 34 35 36 38 39 40 41 42 43 44 45 rm -rf proc.m for i in $list do cat proc.mEOF load DOS$i; EOF done c ...
- SIESTA结构优化程序修改
- 使用siesta做MD分子结构优化的过程中经常会遇到结构收敛不到指定力精度的问题，通过查看输出文件可以看出，在很多情况下，优化过程中体系的最大力经常会出现一个极小值，虽然这个值还没有达到我们预期的精度，但是这个结构相对原始结构已经有所改观，但是siesta程序只能给出最后的结构（不管是否收敛），所以有必要修改源 ...
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