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RDA| glmm| beta多样性| rdacca.hp| 常规统计| 基金| 刊物| 转载| 水杉统计讲坛|

plspm包的安装: 赖江山 2022-3-30 11:46; plspm包作为含有隐变量的通经分析，具有独特的优势，比如能给整个SEM的R2（当然这个R2没什么用，意义不太明确），能做潜变量分析（基于偏最小二乘法，能够提取让回归R2最大化的主成分，是lavaan包没有的功能）等。但是这个包目前已经被CRAN网站剔除（何故不得知），所以无法用install.packages()来安装，只能从github安装 ...; 个人分类: RDA|4372 次阅读|没有评论

adespatial包里面计算beta多样性的两个函数: 赖江山 2022-3-30 09:02; apespatial包有两个函数计算beta多样性， beta.div 函数输入的对象是原始的“样方-物种”的多度数据，可以获得总的beta多样性，还可以获得物种和样方分别对bet多样性贡献性的SCBD和LCBD，并验证LCBD的显著性。 LCBD.comp函数输入的对象是距离矩阵，可以获得总的beta多样性，还可以获得样方对beta多样性贡献性的LCBD，并 ...; 个人分类: beta多样性|2996 次阅读|没有评论

glmm.hp包的结果不与lmerTest包的获得的变量显著性匹配: 赖江山 2022-3-29 16:14; 刚有同学问为什么glmm.hp对混合模型中固定因子的R2进行分解不与lmerTest包的获得的变量显著性匹配？如下图。这个是非常正常的。lmerTest包获得的变量参数的显著性，这个是相当展示的是层次分割中unique effect，而glmm.hp获得的individual effect是 unique effect加上平均分配的common effect的结果，是考虑的共线性的结果 ...; 个人分类: glmm|2076 次阅读|没有评论

关于glmm.hp函数的数据文件名的规定: 赖江山 2022-3-26 19:33; 刚有个glmm.hp的用户咨询一个运行错误如下：我逐一追溯后发现问题出在于他在lmer的表达式里面数据的文件名用D, 结果在glmm.hp的函数中会提取到这个数据为D，会被误认为是函数D，这个问题无法修改程序来解决，建议用户尽量不用与现有函数名一样的数据对象名称，如果其他用户出现类似的错误，建议修改一下数据对象的名 ...; 个人分类: glmm|1793 次阅读|没有评论

新版glmm.hp在CRAN更新上线: 赖江山 2022-2-9 15:53; 对于非正态分布的广义线性混合模型（ GLMM ），上一版的 glmm.hp() 默认分解是 r.squaredGLMM() 输出矩阵的第一行的 R 2 , 比如对于二项分布的 GLMM ，第一行就是 theoretical 类型 R 2 ，第二行为 delta 类型 R 2 。在写包的时候，我试一下几个 ...; 个人分类: RDA|2572 次阅读|没有评论

一个简洁的子集获取的代码: 赖江山 2022-1-27 16:03; 刚读文献的时候，发现一个提取数据框子集的代码很简洁的代码，特此记录下来。 GuineaPigs - subset(GuineaPigs, !is.na(Testo) !is.na(Rank) (Time %in% c(1,3,5))) 此代码的目的是去掉 GuineaPigs数据钟 Testo和Rank中这两列中含有NA的行，并选取Time里面是1，3，5的行。虽然我们很多的命令可以实 ...; 1281 次阅读|没有评论

用于分解广义混合线性模型的R2的包glmm.hp发布于R官网CRAN: 赖江山 2022-1-25 16:09; 生态学的数据大部分取样于地球表面，常常具有时空属性或复杂的嵌套和层次结构，导致数据点之间不独立的问题普遍存在，传统的普通线性模型对类数据并不适用。线性混合效应模型（ LMM ）及广义线性混合效应模型 (GLMM) 允许我们明确地对这种数据中的非独立性进行建模，因此 ...; 5522 次阅读|没有评论

rdacca.hp包的文章在线发表Methods in ecology and evolution: 赖江山 2022-1-12 19:46; https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.13800 如何确定典范分析（RDA,CCA和dbRDA）单个解释变量的相对重要性，相信很多人跟我一样一直在寻找方法，但是一直没找到满意的答案。不少人用简单效应（simple effect）、条件效应（conditional effect）或是边际效应（marginal effect）直接当作 ...; 个人分类: RDA|3181 次阅读|没有评论

R里面save(对象1,对象2..., file="文件名.Rdata")这命令一定要习惯常用: 赖江山 2021-12-21 22:20; 很多R的初学者有个习惯的思维，总要把结果输出到excel表格来，实际上除了数据框或是正常矩阵这种少数的类别能够往外输出到excel外，其他一般是无法这样输出的。最简单，最常用的存储结果的方式就是save(对象1,对象2..., file=文件名.Rdata)这个命令，这样存储的结果是在当前工作目录下有个R的文件，下回你直接打开这 ...; 4452 次阅读|没有评论

R语言在光合作用研究当中的应用分析（Functional Plant Biology）: 赖江山 2021-12-13 08:48; R 语言在光合作用研究当中的应用分析 Yasi Liu , Xiangping Wang , Dayong Fan * , Jiangshan Lai * & ...; 2263 次阅读|没有评论

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