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NMDS的是否有解释率？: 热度 1 赖江山 2018-11-13 22:21; 最近老有人问NMDS是否有排序轴是否有解释率？好像有些文章，特别是SBB的文章经常会有文章提供NMDS前几轴解释量（%)，根据我的理解，NMDS是非参数的方法，不应该有解释量，不知道他们这些NMDS的解释率是怎么算出来的？我估计是用主坐标分析（PCoA)的解释量来作为NMDS的解释量，但这种张冠李戴的做法可能是不 ...; 个人分类: RDA|10899 次阅读|2 个评论热度 1

关于排序图标识的虚化代码: 赖江山 2018-10-13 21:55; #有时候排序图的中物种或样方过多，造成标识重叠的情况，可以用vegan包中的orditorp将标识虚化 ## A cluttered ordination plot : library(vegan) data(BCI) mod - cca(BCI) plot(mod, dis=sp, type=t) # Now with orditorp and abbreviated species names cnam - make.cepnames(names( ...; 个人分类: RDA|3372 次阅读|没有评论

ggplot2柱形图更改坐标顺序: 赖江山 2018-9-22 22:48; #例子如下： library(ggplot2) v1-c('w','h','a') v2-c(4,56,23) df-data.frame(v1,v2) ggplot(df,aes(x=v1,y=v2))+geom_bar(stat='identity') #得出结果如下图： #想让横坐标柱子排序按照v1赋值时出现（即w、h、a出现），但是ggplot2默认按字母排序了 ...; 个人分类: RDA|22994 次阅读|没有评论

打开Rstudio时候出错的问题解决: 热度 1 赖江山 2018-9-18 16:06; 很多的人安装R和Rstudio后，打开Rstudio过程，出现说C:\user\???出现无法链接的情况，一般是这个临时文件的路径中有中文Rstudio不认识，需要修改这个临时的文件的路径，具体见下面的修改临时文件的中文路径的介绍 https://zhidao.baidu.com/question/748080860947976012.html; 个人分类: RDA|5607 次阅读|1 个评论热度 1

在R里面将有经纬度的取样点在google地图标出: 赖江山 2018-9-2 22:56; 将有经纬度的取样点在google地图标出数量生态学-R语言应用第二版第二章有代码将带经纬度取样的主动投射到google地图大家可能会经常用到，特意提前先贴这里，使用下面代码前提你的电脑必须能上google Doubs鱼类数据取样点经纬度信息在Doubs.RData的文件里面，下载后直接运行下面代码即可 Doubs.RData # ...; 个人分类: RDA|13021 次阅读|没有评论

计算两个矩阵中不同变量相关系数和p值的函数: 赖江山 2018-8-13 10:37; # 刚有人问，有两个矩阵，一个物种矩阵，一个是环境因子矩阵，要算所有物种和所有环境因子之间的俩俩 #相关系数和p值，找不到现成的函数做，写循环又比较繁琐。我简单写了函数解决这个问题，供大家参考！ #以vegan包中vare物种数据和环境因子数据为例 library(vegan) data(varespec) data(varechem) r=cor(varespec, ...; 个人分类: RDA|8163 次阅读|没有评论

推荐书目《基于R语言林学数据分析》英文版: 赖江山 2018-3-9 16:50; 最近偶然看到Springer 出版R系列丛书有一本Forest Analytics with R，林学方面的学者可以关注一下，CRAN还有与这本书匹配的程序包FAwR。这本书具体的中文目录如下： 1. 引言 Introduction 2. 森林数据管理 Forest Data Management 3. ...; 个人分类: RDA|5273 次阅读|没有评论

《数量生态学-R语言的应用》英文版第二版即将3月份出版: 赖江山 2018-3-5 14:50; NEwR-2ed_code_data.zip 由著名数量生态学家，数量生态学学科创始人Pierre Legendre教授实验室编写的《Numerical Ecology with R》英文版第二版即将由Springer在2018年3月底发行。 https://www.springer.com/us/book/9783319714035#aboutBook 第二版在第一版的基础上，加入多重对应分析（multiple correspondenc ...; 个人分类: RDA|7468 次阅读|没有评论

自动更新R的版本: 热度 1 赖江山 2017-10-19 22:05; 利用R语言命令自动更新R语言软件的版本 install.packages( installr ) library (installr) updateR () 下载完后会提示安装，安装目录，安装成功后，提示是否将old library复制到new library中但是这个方法下载后，不能删除掉旧版本，还得手动删除旧版本。 ...; 8115 次阅读|2 个评论热度 1

R语言在生态学研究中的应用分析: 热度 17 赖江山 2017-6-1 14:09; 随着观测手段的不断进步和长期观测数据的不断积累，加上数据共享机制不断完善，生态学研究已经跨入的大数据的时代。面对巨量的原始数据，一个生态学者需要运用相当可观的数学知识和编程技巧来把它们转化成方便处理的有效数据。因此，现代生态学研究对研究者的数据分析和处理能力要求更高。传统的统计软件已经很难满足当前 ...; 25963 次阅读|28 个评论热度 17

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