赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

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赞一下植物生态学报投稿系统
2022-9-14 16:17
差不多有十几年没有投稿《植物生态学报》了,最近投了一篇。感觉投稿系统流程图很人性化,到哪一步了一目了然,而且编辑和编委都很负责,处理很及时,圈内口碑一直很好,没有自夸意思(好像刊物跟我也没啥直接关系,也不是编委,顶多就是在同一个院子里,也谈不上自夸)。良好的信誉靠的是坚持少而精、不随波逐流的办刊理 ...
个人分类: 刊物|804 次阅读|没有评论
阅读申请指南还是蛮重要的(2022年面上基金申请有感)
热度 7 2022-9-8 12:48
论阅读申请指南的重要性 ——(2022年面上基金申请有感) 今年面上基金申报的题目还是延续去年没中的内容,只是题目直接改为“生态学典范分析解释变量相对重要性的研究”,去掉前面的限定词,然后根据去年的评审专家意见重新整了整。在四类问题中,还是继续选D类属性“共性导向,交叉融通”。尽管很多人认为 ...
个人分类: 基金|10835 次阅读|13 个评论 热度 7
消除共线性并不是我们拟合模型的目标(回答某老师的问题)
热度 1 2022-9-7 22:34
赖老师好, 有个问题一直困扰自己很久,我看到现在很多文献(其中不乏子刊一类的文章)还是在用CCA分析和VIF分析来判定环境变量是否存在共线性的问题,尤其很多CCA分析的解释率其实非常低(不足30%),所以想问下您,基于这两种方法是否能获得独立的环境变量对物种分布的贡献?因为很多时候确实看单一变量的贡献率是显著 ...
个人分类: rdacca.hp|655 次阅读|2 个评论 热度 1
glmm.hp函数中输入的模型,一定不能带有对变量处理的运算
2022-9-3 14:19
glmm.hp函数输入只有一个参数mod, 需要的注意的是,mod是lme4或是nlme包给出的广义混合效应模型。glmm.hp的工作流程是从mod里面提取公式和变量,以及原始数据,然后再进一步进行共性分析。如果mod里面带有别的运算,会导致提取变量的名称出现错误,就会导致后面的错误。如下案例,比如对变量进行scale标准化, 或是转化为 ...
个人分类: glmm|674 次阅读|没有评论
2022年的中国生态学大会,希望能如期举办(8月26-29日,贵阳)
2022-8-17 15:30
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rdacca.hp的文章入选ESI热点论文(前1‰)
2022-8-11 11:25
根据2022年7月web of science最新发布的基本科学指标(Essential Science Indicators,简称ESI)统 计数据,我们今年发表4月份正式发表在MEE的论文(Methods in Ecology and Evolution, 2022 ,13(4): 782-788 ) 被评为“ Hot Papers (热点论文) ” 。 Wob of Science网站对“热点论文” ...
个人分类: rdacca.hp|842 次阅读|没有评论
[转载]架起生态统计学应用新“桥梁”
2022-7-20 08:28
https://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/7/482963.shtm 随着生态学进入大数据时代,先进的数据分析技术和生态统计模型成为整合生态大数据、发现有价值的生态学规律的重要“桥梁”。 但生态学家经常会在模型使用过程中遇到各种统计学方法的问题。例如典范分析中共线性解释变量的相对重要性评估就是其中之一。 对此, ...
个人分类: rdacca.hp|1101 次阅读|没有评论
把定性变量变为0/1数据的哑变量函数model.matrix
2022-7-16 15:00
有时候,我们必须把定性的变量转为0/1数据才能进行数量分析,定性的变量转为0/1数据函数为model.matrix。 案例 library(vegan) data(dune.env) dune.env #例如把dune.env$Management定性变量变为0-1数据,那个-1表示从第一个变量名字开始,如果没有-1就变为第一项为intercept model.matrix(~dune.env$Ma ...
个人分类: 常规统计|847 次阅读|没有评论
物种聚类的结果验证环境因子的差异的结果(mantel相关)
2022-7-6 22:21
刚有一个学员问一个问题,就是怎么用物种聚类分析的f分组结果,来回答组间环境因子(具有定性环境因子)是否有差异? 回答:如果环境因子全部是定量,那可以将环境因子标准化后再进行多元方差分析(Manova)。如果是含有定性环境因子,那就麻烦一点,只能拿分组结果的做样方之间的0-1数据(在同一组为1,不同组为0)的Jacc ...
个人分类: 常规统计|1037 次阅读|没有评论
rdacca.hp包第一次被外国人的研究(Diversity and Distribution)使用
2022-6-17 08:19
rdacca.hp包第一次被外国人(挪威)的研究员人员使用,文章里面对HP在典范分析的英文描述值得大家借鉴,特别是这个unordered assessment of importance的作用很重要。 We used a hierarchical partitioning to estimate the importance o ...
个人分类: rdacca.hp|925 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2022-9-30 17:47

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