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用unique去掉重复的列的用法
赖江山 2021-11-11 11:30
刚有一学员问怎么将相同的列去掉,很多人知道unique函数能去掉相同的行,但不知道也能去掉相同的列,只不过需要设定参数MARGIN=2,还有将数据对象设为矩阵而已。 a=data.frame(a=1:4,b=1:4) a a b 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 4 4 unique(a,MARGIN=2) #无动于衷,因为a是个数据框 a b 1 1 1 ...
个人分类: 未分类|473 次阅读|没有评论
评价R语言在生态学研究中应用的Ecosphere文章目前被引用的情况
赖江山 2021-11-5 19:25
2019年在Ecosphere发表的一篇基于文献调查的评价R语言在生态学研究中应用及对生态研究开放性的贡献的文章,到目前google引用已经达到47次,通过researchgate可以展示具体被文章被引用的地方,基本引用都是为了证明R语言在生态研究中的重要性,为自己的研究工作或是R包的必要性提供依据。 1. &n ...
个人分类: 未分类|1016 次阅读|没有评论
将原始多度数据转化正整数等级数据并制作热图
赖江山 2021-6-2 17:44
将多度数据转为等级数据代码 将多度数据转为等级数据代码 有学员对于能够展示物种在样方多度分布的热图(如下图)很感兴趣(列为样方,行为物种,热图的颜色代表多度),但这个热图需要用到将原始多度数据转化为10以内正整数的等级数据。很多学员不知道怎么转化。其实,将原始多度数据转化等级数据并没有统一的模式,分 ...
个人分类: 未分类|1267 次阅读|没有评论
rdacca.hp用于在多元回归和典范分析中变差分解和层次分割的R包(preprint)
赖江山 2021-3-12 19:57
rdacca.hp用于在多元回归和典范分析中变差分解和层次分割的R包(preprint) 摘要: 探索多响应变量与多解释变量之间关系的典范分析(canonical analysis)是群落生态学多元统计最重要的分析方法。RDA、db-RDA和CCA是三种最常用的典范分析方法。目前,典范分析遇到两个挑战。首先,我们缺乏定量指标来估计单个 ...
个人分类: 未分类|1986 次阅读|1 个评论
通过置换检验(也就是 Monte Carlo模拟检验)获得相关系数的p值
赖江山 2021-2-10 11:06
刚有学员问“怎么用R做 相关估计显著水平的MonteCarlo模拟检验”。其实不要被“MonteCarlo模拟”这个貌似很高深的术语所迷惑,MonteCarlo模拟简单说,就是用原始数据,不放回重新全部抽样,对抽取数据的配对再进行分析获得模拟值,然后通过看实测值与模拟值分布(n次抽样,一般设为999,这样最小p ...
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有一个计算生物多样性指数新R包adiv,发表在最新一期的MEE上
赖江山 2020-9-18 14:36
Sandrine Pavoine 在2020年6月Methods in Ecology and Evolution发表一个新包adiv: Anrpackage to analyse biodiversity in ecology。此包含有最全的生物多样性指数的计算函数。包括三个层次(α,β和γ)物种多样性、分类学多样性、功能多样性和谱系多样性。具体详见下面链接,值得关注! htt ...
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基于R语言的生态与环境科学数据分析培训班通知
赖江山 2020-9-1 14:59
华美同创文化交流(北京)有限公司 基于 R 语言的生态与环境科学数据分析培训班通知 ( 20 20 年9月11日 - 14 日,北京) 随着新的数据分析方法在生态学和环境科学研究中的迅速发展和大数据时代的来临,传统的统计软件已经很难满足当前的数据分析需求。 R ...
个人分类: 未分类|2629 次阅读|没有评论
R4.0的版本下定义泛函数的注意事项
赖江山 2020-7-29 14:51
最近在写一个典范分析(RDA,db-RDA和CCA)各个解释变量的重要性评估的R包。发现之前定义的作图泛函数plot.varcano在新版R.4.0后居然无法调用,一直无法找到原因,网上也搜不到有价值的材料,后来参考其他包的文件,偶然发现NAMESPACE文件里面有个类似声明: ## Registration of S3 methods defined in *** S3method(adip ...
个人分类: 未分类|2039 次阅读|没有评论
《数量生态学-R语言的应用》中文版第二版已经出版
热度 2 赖江山 2020-5-17 20:32
《数量生态学-R语言的应用》中文版第二版已经由高等教育出版社出版! 本书全体数据和代码在此下载! 数量生态学-R语言应用(第二版)全部代码和数据.zip
个人分类: 未分类|5808 次阅读|4 个评论 热度 2

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