hyper or hypo promoter analysis

张洪磊 2016-7-28 10:17

#!/usr/bin/Rscript #calculate how many down and up -regulated genes are hyper and hypo at promoter #dealing with down-regulated genes load(/home/zhanghl/workshop/paper1/methylation/anno/fullannotInd.rda) # fullannot # colnames rownames # TSS1500Ind # TSS1500Ind$SID ...

个人分类: 项目专题|2241 次阅读|没有评论

多变量计算不同水平的overlap

张洪磊 2016-7-23 17:29

#!/usr/bin/Rscript brca_file - /home/zhanghl/workshop/paper1/expression/survival_gene_analysis/310_down_genes/BRCA.survival.sf kirc_file - /home/zhanghl/workshop/paper1/expression/survival_gene_analysis/310_down_genes/KIRC.survival.sf prad_file - /home/zhanghl/workshop/pape ...

个人分类: 知识点专题|1944 次阅读|没有评论

生存分析案例

张洪磊 2016-7-21 21:33

#!/usr/bin/Rscript library(survival) library(limma) file.create(survive.txt) #files tumors - scan(tumor_list,what=) for (tumor in tumors){ exp_file - paste(/home/zhanghl/resource/raw_counts/,tumor,.uncv2.mRNAseq_raw_counts.txt.rpkm,sep=) #re ...

个人分类: 知识点专题|4132 次阅读|没有评论

正则

张洪磊 2016-7-8 08:24

正则：说白了是一种字符匹配规则。 包含几个部分： 1. 匹配 2. 量 3. 位置 首先谈匹配： 语系 LANG=C a. 特殊符号。 , , , , b. 特定字符。'the' c. 字符集结号。 , , 多选一 d. 占坑符 . e. * 0-无穷重复前面字符 其次谈一下量： a. {2,4},{2,} 最后位置： a. $ ^

个人分类: 项目专题|1596 次阅读|没有评论

clusterProfiler 举例

张洪磊 2016-7-7 17:39

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/clusterProfiler/inst/doc/clusterProfiler.html brca - scan(brca.txt,what=) kirc- scan(kirc.txt,what=) prad - scan(prad.txt,what=) thca - scan(thca.txt,what=) ucec - sca ...

个人分类: 知识点专题|3688 次阅读|没有评论

Ven图 5 set

张洪磊 2016-7-7 09:32

library(VennDiagram) venn.plot - venn.diagram( x = mylist, filename = Venn_5set_pretty.tiff, col = black, fill = c(dodgerblue, goldenrod1, darkorange1, seagreen3, orchid3), alpha = ...

个人分类: 知识点专题|2442 次阅读|没有评论

gsea 案例

张洪磊 2016-7-5 08:12

http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp 1. 下载命令行版本 2. 下载测试数据 http://software.broadinstitute.org/gsea/datasets.jsp -rw-rw-r--. 1 zhanghl zhanghl 5073 7 月 4 16:25 c2.cp.kegg.v5.1.entre ...

个人分类: 知识点专题|4881 次阅读|没有评论

SummarizedExperiment 一个蛮好的数据归总操作方式

张洪磊 2016-7-4 10:38

SummarizedExperiment for Coordinating Experimental Assays, Samples, andRegions of Interest http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/SummarizedExperiment/inst/doc/SummarizedExperiment.html 我们经常操作的表，列为 samples ，行为 observation ，另外附带有 meta-data 用于描 ...

个人分类: 知识点专题|6676 次阅读|没有评论

本页有 2 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏