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张洪磊 2015-6-25 15:25

Babraham Bioinformatics http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/people.html Nowind blog（GATK） http://blog.sina.com.cn/s/articlelist_1730221682_0_1.html 代码 http://fayaa.com/code/ 。。。

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ART-模拟器

张洪磊 2015-6-24 16:14

Illumina read simulation Single-end reads art_illumina -i INPUT_SEQ_FILE -l READ_LEN -f FOLD_COVERAGE -o OUTPUT_FILE_PREFIX Example: art_illumina -sam -i seq_reference.fa -l 50 -f 10 -o ./outdir ...

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ASEReadCounter

张洪磊 2015-6-23 22:30

Samtools sort SRR059609.bam SRR059609_sort Samtools index SRR059609_sort.bam java -jar ~/local/bin/GenomeAnalysisTK.jar -R C57BL6J_b37.fa -T ASEReadCounter -o file_name.csv -I SRR059609_sort.bam -sites SRR059609.final.vcf ...

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GATK-修正

张洪磊 2015-6-23 21:58

1. GATK NOWind http://blog.sina.com.cn/s/articlelist_1730221682_0_1.html SRR059609.fastq; SRR059617.fastq; SRR059626.fastq;C57BL6J_b37.fa Step 1: 建库 bwa –a bwtsw C57BL6J_b37.fa Step2: aln bwa aln C57BL6J_b37.fa SRR059609.fastq SRR059609.sai st ...

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小鼠ASE

张洪磊 2015-6-23 21:53

1. 流程总结 a. 使用tools前，一定要仔细推敲下每一个参数的意义。 b. Tophat: tophat -p 10 -o ./SRR1924508_wsb/--no-coverage-search --b2-very-fast./reference/WSBEiJ_b37_f SRR1924508_1.fastqSRR1924508_2.fastq # 非配对fastq文件之间用comma ...

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GATK 实例

张洪磊 2015-6-23 21:35

NOWind http://blog.sina.com.cn/s/articlelist_1730221682_0_1.html SRR059609.fastq; SRR059617.fastq; SRR059626.fastq;C57BL6J_b37.fa Step 1: 建库 bwa –a bwtsw C57BL6J_b37.fa Step2: aln bwa aln C57BL6J_b37.fa SRR059609.fastq SRR059609.sai step3: 生成sam文件 ...

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