Reads counting

张洪磊 2015-7-6 10:54

关于计算 ASE reads counting 的方法 方法一：先将 bam 文件根据 snp 信息分成 maternal or paternal bam ，然后依据基因信息做计数，计数方法现有两种 1. htseq-count （ http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/count.html#count ） ...

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trio samples analysis using AlleleSeq (未完，待补充)

热度 1 张洪磊 2015-7-5 22:31

alleleSeq ####################################### Step 1: build ref genome(alleleSeq 输入文件1) ####################################### cd ~/workshop/allelseq mkdir ./psegenome java -jar~/app/vcf2diploid_v0.2.6a/vcf2diploid.jar -id NA12878 -chr human_chr20_hg18.fa-vcf CEU.t ...

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SRR1639745(乳腺肿瘤样本)-GATK分析

张洪磊 2015-7-3 14:21

SRR1639745.sra SRR1639745_1.fastqSRR1639745_2.fastq #Step 1: fastq-dump fastq-dump --split-3 ./ SRR1639745.sra; step2: build index for ref samtools faidx ~/ref/human_g1k_v37_decoy.fasta bwa index -a bwtsw ~/ref/human_g1k_v37_decoy.fasta java -jar ~/local/bin/Creat ...

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GATK 练习-SRR059609

张洪磊 2015-7-2 15:44

NOWind http://blog.sina.com.cn/s/articlelist_1730221682_0_1.html SRR059609.fastq; SRR059617.fastq;SRR059626.fastq;C57BL6J_b37.fa Step 1: 建库 bwa –a bwtswC57BL6J_b37.fa Step2: aln bwa aln C57BL6J_b37.fa SRR059609.fastq SRR059609.sai step3: 生成sam文件 ...

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TOOLS-GATK

张洪磊 2015-7-1 17:49

SimulateReadsForVariants（根据VCF生成含突变BAM文件） https://www.broadinstitute.org/gatk/gatkdocs/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_simulatereads_SimulateReadsForVariants.php FastaAlternateReferenceM aker（根据VCF生成 reference genome） ( https://www.broadinstitute.org/gatk ...

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SRR1639745 (GSM1537307) ASE 分析

张洪磊 2015-7-1 17:44

reference and source （ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/tutorials/full-size/ ） 未完

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GATK 练习 NA12878 NA12891 NA12892 （未完待续）

张洪磊 2015-6-30 20:28

http://www.gene-seq.com/2014/06/na12891-and-na12878-vcf-database/ #基因堂汇总的NA12878，NA12891，NA12892信息 ftp://ftp.broadinstitute.org/tutorials/workshops/GATK_basic/ 1. Mark duplicates ############################################################################ ...

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GATK dbsnp

张洪磊 2015-6-29 15:16

Go to: ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org Password: Blank And then browse to bundle 1.5 hg19.

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