chip-seq 数据前期处理

张洪磊 2016-5-11 11:41

2016-5 月根据课题需要自学 chip-seq 分析流程及思路，整理如下： 几篇别人整理的资料： http://www.plob.org/2012/09/29/3760.html http://www.plob.org/2012/01/09/1605.html http://www.plob.org/2012/01/08/1538.html http://www.bio-info-trainee.com/672.html 参考文献： Park,P.J. ChIP-seq: ...

个人分类: 转载|4804 次阅读|没有评论

AW Pipeline for allele analysis

张洪磊 2015-7-10 15:07

AW pipeline 包含很多用的tools，比如利用VCF mask reference，比如split fasta文件，trimm fastq以及生产包含所有样本的qc文件等等吧，流程非常简洁，只有一下几个命令，根据自己的具体情况，修改相应的参数就可以。 scripts/GSmask.pl -i genome/ -v variants/chr19.exon.snps.vcf #mask ref scripts/QC.sh -d rea ...

个人分类: 知识点专题|2073 次阅读|没有评论

学习文档地址

张洪磊 2015-7-9 21:58

ucdavis Bioinformatics 课程： http://training.bioinformatics.ucdavis.edu/docs/2012/05/RNA/index.html

1513 次阅读|没有评论

hg18 and hg19 fasta

张洪磊 2015-7-9 09:27

http://www.broadinstitute.org/ftp/pub/seq/references/ 下载fasta格式 另外可以从ucsc下载，地址 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/ 下载2bit格式 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/FOOTER 含有 twoBitToFa 的说明文件 twoBitToFa 需要添加到可执 ...

个人分类: 知识点专题|5109 次阅读|没有评论

human_b141 and b142 SNP

张洪磊 2015-7-8 17:08

ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/snp/organisms/ human_9606_b142_GRCh37p13 2014/11/26 0:00:00 human_9606_b142_GRCh38 2015/3/2 16:15:00 human_9606_b144_GRCh37p13 2015/6/22 14:21:00 human_9606_b144_GRCh38p2

2107 次阅读|没有评论

snpEff 对snp进行功能注释

热度 1 张洪磊 2015-7-7 14:43

snpEff 的使用方法 1. 建库 1 ）如果已经有库文件，直接可以在线下载相关的库文件。 $ java -jar snpEff.jar download Galgal4.72 2 ）如果没有库文件，那么就需要自己根据参考基因组序列文件（ fasta 格式）和注释文件（ gff 文件）自行建库。流程如下： 首 ...

11637 次阅读|1 个评论 热度 1

本页有 4 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏