Bioconductor annotation 学习整理

张洪磊 2016-7-4 08:06

参考 http://bioconductor.org/help/workflows/annotation/annotation/ Object type example package name contents OrgDb org.Hs.eg.db genebased information for Homo sapiens TxDb TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGe ...

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常用library

张洪磊 2016-6-22 10:35

Annotationhub 是节点，通往各个数据库的节点。 GenomicFeatures 是工具箱，提供工具从其他数据库获取信息。 org.Hs.eg.db、TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 。。。属于数据库 source( https://bioconductor.org/biocLite.R) biocLite(xxx) library(AnnotationHub) library(GenomicFeatures ) ...

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STAR 比对软件用法举例

张洪磊 2016-6-20 09:11

STAR 比对软件用法举例 Step1 ： 下载 wgethttps://github.com/alexdobin/STAR/archive/STAR_2.5.2a.tar.gz 使用： 解压即可使用，其中程序在 bin 目录下面。 说明文件： STAR-master/doc/ STARmanual.pdf 准备数据： 参考基因组和测序数据。 Step2 ：建立索引 索引 hg19 ...

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DNA甲基化分析

张洪磊 2016-6-16 11:07

一篇综述 Analysing and interpreting DNA methylation data pipeline： 整理自： http://bioconductor.org/help/course-materials/2015/BioC2015/methylation450k.html source(http://www.bioconductor.org/biocLite.R) biocLite(c(IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaH ...

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