Kevin2015的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/Kevin2015

博文

全外显子组生信分析流程-12-Control-Freec

已有 8143 次阅读 2019-3-23 15:56 |个人分类:全外显子项目|系统分类:科研笔记

#!/usr/bin/bash

#Control-Freec 既可以检测拷贝数变异CNV,还可以分析杂合性缺失LOH。官网如下
#http://boevalab.com/FREEC/
#https://www.jianshu.com/p/122cc5b4ca46
#简书https://www.jianshu.com/p/122cc5b4ca46
#官网+作图 http://boevalab.com/FREEC/tutorial.html#GCP

#第一步安装
https://github.com/BoevaLab/FREEC/releases

#第二步执行
/home/zhanghl/supporting_softwares/Control-Freec/FREEC-11.5/src/freec -conf /home/zhanghl/supporting_softwares/Control-Freec/FREEC-11.5/data/config_exome.txt

#第二步编辑配置文件
[general]
chrLenFile = /home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_hg19/hg19.fa.fai
window = 0
ploidy = 2
outputDir = /home/zhanghl/data_3/workshop/practice1_ovary/control-freec/
BedGraphOutput = TRUE

#sex=XY
breakPointType=4
chrFiles =  /home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_hg19/hg19_chromosomes/chromosomes

maxThreads=6

breakPointThreshold=0.8
noisyData=TRUE
printNA=FALSE

readCountThreshold=50

[sample]

mateFile = /home/zhanghl/data_3/workshop/practice1_ovary/raw_data/SRR5141046.sorted.dedup.recal.bam
inputFormat = BAM
mateOrientation = 0

[control]

mateFile = /home/zhanghl/data_3/workshop/practice1_ovary/raw_data/SRR5141045.sorted.dedup.recal.bam
inputFormat = BAM
mateOrientation = 0

[BAF]

SNPfile = /home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_hg19/hg19_snp142.SingleDiNucl.1based.txt
minimalCoveragePerPosition = 5

[target]

captureRegions = /home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_hg19/truseq-exome-targeted-regions-manifest-v1-2.bed  #这个文件公司提供?


#mpileup
#samtools mpileup \
#-gSDf /home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_hg19/hg19.fa \
#/home/zhanghl/data_3/workshop/practice1_ovary/raw_data/SRR5141046.sorted.dedup.recal.bam > \
#/home/zhanghl/data_3/workshop/practice1_ovary/raw_data/SRR5141046.sorted.dedup.recal.bcf

#Visualize Control-FREEC's output
#If you work with Exome-seq data and you did not set printNA=FALSE, delete data points that are not in targeted regions from *_ratio.txt:
awk '$3!=-1 {print}' ./P4-01-DNA.sorted.dedup.recal.bam_ratio.txt  > ./P4-01-DNA.sorted.dedup.recal.bam_ratio.txt.NONA
cat /home/zhanghl/data_3/biosoft/anaconda2/envs/Control-FREEC/bin/makeGraph.R | R --slave --args 2 ./P4-01-DNA.sorted.dedup.recal.bam_ratio.txt.NONA




https://wap.sciencenet.cn/blog-2609994-1169205.html

上一篇:全外显子组生信分析流程-11-Mutect2
下一篇:全外显子组生信分析流程-13-table_annovar
收藏 IP: 159.226.149.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-12-13 22:12

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部