科学网

 找回密码
  注册
maftools 找不到对象\'Variant_Classification\'
张洪磊 2019-6-12 10:54
require(maftools) 载入需要的程辑包:maftools Registered S3 methods overwritten by 'ggplot2': method from [.quosures rlang c.quosures rlang print.quosures rlang ...
个人分类: 全外显子项目|3251 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-14-annovar_to_maftools
张洪磊 2019-3-27 17:15
#!/usr/bin/bash purpuse:combineannovarresultsandconvertittoMAFtoolsformat #combination infolder=/home/zhanghl/data_3/workshop/yelianhua/wes/annovar_result outfolder=/home/zhanghl/data_3/workshop/yelianhua/wes/annovar_result ...
个人分类: 全外显子项目|3798 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-13-table_annovar
张洪磊 2019-3-25 21:43
#purpose:re-annotateVCFwithtable_annovar.pl perlannotate_variation.pl-buildverhg19-downdb-webfromannovarrefGenehumandb/ perlannotate_variation.pl-buildverhg19-downdbcytoBandhumandb/ ...
个人分类: 全外显子项目|3030 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-12-Control-Freec
张洪磊 2019-3-23 15:56
#!/usr/bin/bash #Control-Freec既可以检测拷贝数变异CNV,还可以分析杂合性缺失LOH。官网如下 #http://boevalab.com/FREEC/ #https://www.jianshu.com/p/122cc5b4ca46 #简书https://www.jianshu.com/p/122cc5b4ca46 #官网+作图http://boevalab.com/FREEC/tutorial.html#GCP #第一步安装 https://g ...
个人分类: 全外显子项目|7200 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-11-Mutect2
张洪磊 2019-3-23 15:45
#!/usr/bin/bash #purpose:identifySNVandInDelsfrompairedtumorandnormalsamples #setenv work_dir=/home/zhanghl/data_3/workshop/practice1_ovary reference=/home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_glk_v37/human_b37_bundle/human_g1 ...
个人分类: 全外显子项目|3893 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-10-depth_and_coverage_bedtools
张洪磊 2019-3-23 11:28
#!/bin/bash #purpose:bam2bedGraph统计每个碱基的depth,并利用bedtools求overlappedregion。 #setenv bam_dir= cd$bam_dir#bam文件所在位置 ls*.sorted.dedup.recal.bambam.list probes_bed=truseq-exome-targeted-regions-manifest-v ...
个人分类: 全外显子项目|2940 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-9-depth_and_coverage_samtools_flagstat
张洪磊 2019-3-23 11:27
#!/bin/bash #purpose:statisticanalysisofmappingreads #sevenv bam_dir= cd$bam_dir#bam文件所在位置 ls*.sorted.dedup.bambam.list #samtoolsflagstat foriin$(catbam.list) do&nb ...
个人分类: 全外显子项目|2366 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-8-depth_and_coverage_readfq
张洪磊 2019-3-23 11:24
#!/bin/bash #downloadhttps://github.com/billzt/readfq #purpose:calculatereadsfromfastqfiles #setenv readfq=/home/zhanghl/supporting_softwares/readfq/readfq-master/kseq_fastq_base fq_dir= cd$fq_dir#fq所在位置 ls&n ...
个人分类: 全外显子项目|2189 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-7-depth_and_coverage_qualimap
张洪磊 2019-3-23 11:22
#!/usr/bin/bash #!/usr/bin/bash #purpose:calculatedeapthandcoverageusingQualimap ##DownloadandinstallQualimap ##http://qualimap.bioinfo.cipf.es/ #安装 cd/home/zhanghl/supporting_softwares mkdirqualimap ...
个人分类: 全外显子项目|2453 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-6-GATK_recalibration流程代码
张洪磊 2019-3-21 22:51
#!/bin/bash #purpose:recalibrationofreadsquality ##Directories workshop=/home/zhanghl/data_3/workshop/practice1_ovary ##resources human_b37_bundle=/home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_glk_v37/human_b37_bundle human_fasta=${human_b37_bundle}/human_g1k ...
个人分类: 全外显子项目|2566 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-2-26 19:16

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部