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[转载]简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析
张洪磊 2019-8-20 15:02
参考自 http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/113 简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析,主要也是用于RNA-Seq数据,同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。 这两个都属于R包,其相同点在于都是对c ...
个人分类: 项目专题|3399 次阅读|没有评论
hyper or hypo promoter analysis
张洪磊 2016-7-28 10:17
#!/usr/bin/Rscript #calculate how many down and up -regulated genes are hyper and hypo at promoter #dealing with down-regulated genes load(/home/zhanghl/workshop/paper1/methylation/anno/fullannotInd.rda) # fullannot # colnames rownames # TSS1500Ind # TSS1500Ind$SID ...
个人分类: 项目专题|2181 次阅读|没有评论
正则
张洪磊 2016-7-8 08:24
正则:说白了是一种字符匹配规则。 包含几个部分: 1. 匹配 2. 量 3. 位置 首先谈匹配: 语系 LANG=C a. 特殊符号。 , , , , b. 特定字符。'the' c. 字符集结号。 , , 多选一 d. 占坑符 . e. * 0-无穷重复前面字符 其次谈一下量: a. {2,4},{2,} 最后位置: a. $ ^
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