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2015 Cell Host & Microbe: Microbiota and Host Nutrition
范欢 2022-7-12 21:23
Microbiota and Host Nutrition across Plant and Animal Kingdoms 意不意外,惊不惊喜,动植物微生物组拉通整! Plants and animals each have evolved specialized organs dedicated to nutrient acquisition, 植物和动物分别进化出特有的器官专门用于营养的摄取, and these harbor specific bac ...
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版纳园动植物关系组:胡蜂帮助土沉香快速传播种子
范欢 2022-7-11 16:41
Plant-defense mimicry facilitates rapid dispersal of short-lived seeds by hornets Abstract Rates of seed dispersal have rarely been considered important. 种子散布中速度的重要性很少有人研究。(rate可以有很多种意思,从下一句的rapid可以看出这里是说速度而不是概率)。 Here, we demonstrate th ...
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版纳植物园古生态组:青藏高原带刺植物
范欢 2022-7-6 18:23
Rapid Eocene diversification of spiny plants in subtropical woodlands of central Tibet Eocene(始新世): The Eocene Epoch is a geological epoch that lasted from about 56 to 33.9 million years ago (mya). It is the second epoch of the Paleogene Period (古近纪) in the modern Cenozoi ...
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homologs, orthologs 和 paralogs,傻傻分不清楚?
范欢 2021-6-24 21:14
小时候中央六放过一个国产动画,讲古博士和杜博士发现但不认识苍蝇,认为是一个新物种,命名为 “古普斯·杜勃斯·希里渥图斯” 。小朋友一听:古博士,杜博士,稀里糊涂死。名词术语,自然有其存在的道理,所谓名不正则言不顺。但有些术语确实是大同行看了沉默,小同行看了流泪。比如Homologs, orthologs, paralogs这三个 ...
个人分类: 进化|5540 次阅读|没有评论
长大后我就成了root - Docker入门
范欢 2021-6-14 15:23
​Docker类似(但不是)虚拟机,能为某一个/一系列软件构建一个自己的宇宙/环境,让不同的软件之间不用相互影响,为用户解决所需下级软件/包/库的版本依赖。 现在很多软件都提供了Docker的安装方式。 现以基因预测软件augustus(https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus)为例,介绍其使用方法。 首先保证 ...
个人分类: 生信|1069 次阅读|没有评论
宏基因组序列的抗菌潜力预测
范欢 2020-10-14 11:10
本文收到了刘尧老师(公众号:生信小白鱼)《 列举一些次级代谢物基因簇相关的数据库 》一文的很多益处,在此感谢。 此次要完成的任务是根据宏基因组序列预测这个群落的抗菌潜力。 输入:宏基因组clean reads 输出:antimicrobial potencial prediction (如何量化待定) 之前的工作涉及细菌的全基因组测序和功能 ...
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Rosalind-CONS-String Algorithms
范欢 2019-10-8 22:09
题目( 点我 )很好理解,难点在于python擅长行计算而不是列计算,需要一些额外的循环和存储。我的无脑解法为: fromBioimportSeqIO fromcollectionsimportCounter,OrderedDict importoperator defcons(file): #用biopython里面的SeqIO模块帮助读入fas ...
个人分类: Rosalind|1563 次阅读|没有评论
Nature这样总结这篇关于同性行为的遗传基础的Science文章
范欢 2019-9-25 22:08
新一期的Nature新闻板块有这样一则新闻 ,标题是: No ‘gay gene’: Massive study homes in on genetic basis of human sexuality 我第一个反应是,哦天,是说有实锤同性恋不是由遗传决定的吗? 副标题是这样写的: Nearly half a million genomes reveal five DNA markers associated with sexual ...
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Rosalind - IPRB - Heridity
范欢 2019-9-18 09:24
解此题的关键在于这是一个没有放回的抽取,不然例子里50%的显性基因应该无脑得出0.75的显性特征而不是匪夷所思的0.78333 显性特征的情况太多,采取显性 = 1-隐性特征,并按题目中的树形图思路列出可能: 先抽aa再抽aa, 100%得aa: n_n_aa=n/(k+m+n)*(n-&nb ...
个人分类: Rosalind|1462 次阅读|没有评论

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