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宏基因组序列的抗菌潜力预测

已有 1506 次阅读 2020-10-14 11:10 |系统分类:科研笔记

本文收到了刘尧老师(公众号:生信小白鱼)《列举一些次级代谢物基因簇相关的数据库》一文的很多益处,在此感谢。


此次要完成的任务是根据宏基因组序列预测这个群落的抗菌潜力。

输入:宏基因组clean reads

输出:antimicrobial potencial prediction (如何量化待定)


之前的工作涉及细菌的全基因组测序和功能预测时使用了bagel4来预测抗菌素(bacteriocin), 但抗菌素并不是细菌antimicrobial peptide(AMP) 的全部(见维基该词条)。初拟路线:

  1. Bacteriocin prediction (mainly via Bagle4)

  2. AMP prediction (工具待定)


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时隔一年,发现刘老师的博客已经关闭,该文章也只有好友可见了,可惜。我自己除了使用bagel4还主要使用了antiSMASH2, 主要参考刘永鑫老师(公众号:宏基因组)的这篇博客:https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/90748970



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